PDB-5c5y: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwelli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c5y

タイトル

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwellia psychrerythraea (hexagonal form)

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Colwellia psychrerythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Weiergraeber, O.H. / Dick, M. / Pietruszka, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
著者: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J.

履歴

登録	2015年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c5y.cif.gz	386 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c5y.ent.gz	319.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c2xSC 5c6mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3npv-d 5c6m-1 6z9j-d 1ktn-d 1jcl-d 6z9h-d 1p1x-d 5c2x-d 3q2d-d 2bhd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.840, 115.840, 400.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-515- HOH
2	1	B-519- HOH
3	1	B-520- HOH

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase 分子量: 28330.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (strain 34H / ATCC BAA-681) (バクテリア) 遺伝子: deoC, CPS_1972 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q483R4, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1000, calcium acetate, imidazole, triethanolamine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→49.77 Å / Num. obs: 93159 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.38 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 1250142

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15		12.8	0.875	1.142	2.62	85783	6775	6628	1.188	97.8
2.15-2.21			0.945	0.841	3.91	92430	6598	6557	0.872	99.4
2.21-2.28			0.966	0.676	4.74	89773	6479	6445	0.702	99.5
2.28-2.35			0.973	0.554	5.59	85406	6238	6208	0.575	99.5
2.35-2.42			0.983	0.449	6.53	81214	6108	6081	0.466	99.6
2.42-2.51			0.982	0.353	7.84	75598	5892	5873	0.368	99.7
2.51-2.6			0.992	0.278	10.34	79619	5671	5652	0.288	99.7
2.6-2.71			0.995	0.218	12.54	76619	5523	5510	0.227	99.8
2.71-2.83			0.997	0.162	15.96	71961	5275	5267	0.169	99.8
2.83-2.97			0.997	0.128	19.2	66401	5067	5059	0.134	99.8
2.97-3.13			0.998	0.106	22.63	63225	4837	4834	0.11	99.9
3.13-3.32			0.999	0.081	29.78	63342	4556	4554	0.084	100
3.32-3.55			0.999	0.067	35.33	58868	4307	4303	0.069	99.9
3.55-3.83			0.999	0.051	43.73	53463	4046	4045	0.053	100
3.83-4.2			0.999	0.044	49.99	48132	3756	3753	0.046	99.9
4.2-4.7			1	0.039	58.19	46357	3397	3397	0.04	100
4.7-5.42			0.999	0.038	58.07	39919	3051	3050	0.039	100
5.42-6.64			0.999	0.041	52.07	32068	2615	2614	0.043	100
6.64-9.39			1	0.032	64.88	26311	2078	2078	0.033	100
	9.39		0.999	0.031	66.86	13653	1272	1251	0.033	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C2X

5c2x

解像度: 2.1→49.77 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1989	4657	5 %	random selection
R_work	0.1727	88448	-	-
obs	0.1741	93105	99.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.34 Å² / B_iso mean: 50.4361 Å² / B_iso min: 22.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7308	0	48	438	7794
B_iso mean	-	-	69.28	48.51	-
残基数	-	-	-	-	986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	10237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.579	2731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0999-2.1238	0.2778	146	0.2638	2776	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1238-2.1488	0.2996	152	0.2356	2890	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1488-2.175	0.2788	151	0.226	2866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.175-2.2025	0.2152	152	0.2106	2876	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2025-2.2315	0.2497	154	0.2125	2922	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2315-2.2621	0.2201	149	0.1992	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2621-2.2944	0.2604	153	0.2048	2898	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2944-2.3287	0.2391	153	0.2044	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3287-2.365	0.2467	154	0.201	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.365-2.4038	0.2406	152	0.1965	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.4453	0.2341	153	0.2067	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4897	0.2586	153	0.2018	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4897-2.5376	0.2437	154	0.187	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.5894	0.2199	153	0.1792	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6457	0.2311	155	0.1834	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7072	0.2157	154	0.1862	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7072-2.7749	0.1835	153	0.1826	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7749-2.85	0.2234	155	0.1862	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9338	0.1932	155	0.1886	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9338-3.0285	0.2517	156	0.1962	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0285-3.1367	0.2623	156	0.1989	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1367-3.2623	0.2134	155	0.1931	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2623-3.4107	0.2249	158	0.1886	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4107-3.5905	0.2018	156	0.1839	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5905-3.8154	0.2148	157	0.1636	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8154-4.1098	0.1673	159	0.1436	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1098-4.5232	0.1434	159	0.1282	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5232-5.1771	0.152	161	0.1209	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1771-6.5203	0.1732	164	0.1694	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5203-49.7845	0.1588	175	0.1596	3322	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1347	0.2183	-0.0114	2.1628	-0.4703	3.7362	-0.092	0.1606	-0.0639	-0.2603	0.0385	-0.0977	0.0652	0.1275	0.0504	0.264	0.0086	0.0355	0.2094	0.0036	0.3073	44.4564	24.1553	206.4969
2	1.2789	0.0813	0.3496	1.465	-0.2234	1.4034	-0.0428	-0.0751	0.3568	0.0183	0.0065	0.0574	-0.6878	0.0789	0.0356	0.5751	-0.0023	0.0239	0.2241	-0.0128	0.3503	50.9643	55.9219	225.5047
3	1.7122	-0.2121	-1.0587	1.0729	-0.0211	2.4659	0.1266	0.1889	-0.0802	0.0051	-0.096	0.173	-0.3403	-0.6815	-0.0289	0.2666	0.1364	-0.0328	0.4936	0.0042	0.3473	12.2375	35.2122	234.4035
4	1.9092	0.2135	0.2004	2.443	-0.2182	1.5277	-0.1524	0.8189	0.207	-0.2735	0.3826	0.1209	-0.3589	-0.5822	-0.1522	0.4853	0.2183	0.0004	1.0055	0.1184	0.3966	17.4843	46.7334	198.8874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 2:301	A	2 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 3:301	B	3 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resid 2:301	C	2 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resid 2:301	D	2 - 301

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