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Yorodumi- PDB-5c2x: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwelli... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c2x | |||||||||
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Title | Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwellia psychrerythraea (tetragonal form) | |||||||||
Components | Deoxyribose-phosphate aldolase | |||||||||
Keywords | LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic | |||||||||
Function / homology | Function and homology information deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Colwellia psychrerythraea (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.11 Å | |||||||||
Authors | Dick, M. / Weiergraeber, O.H. / Pietruszka, J. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases. Authors: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c2x.cif.gz | 198.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c2x.ent.gz | 157.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c2x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5c2x_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5c2x_full_validation.pdf.gz | 446.3 KB | Display | |
Data in XML | 5c2x_validation.xml.gz | 21.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5c2x_validation.cif.gz | 30.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5c5yC 5c6mC 1jclS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28330.271 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Colwellia psychrerythraea (bacteria) / Gene: deoC, CPS_1972 / Plasmid: pET21a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q483R4, deoxyribose-phosphate aldolase #2: Chemical | Mass: 104.105 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CO3 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PEG 4000, Lithium sulfate, TRIS buffer, triethanolamine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.969 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.969 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.11→47.15 Å / Num. obs: 29931 / % possible obs: 82.3 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.43 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 12.15 / Num. measured all: 207680 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1JCL Resolution: 2.11→47.15 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 18.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.68 Å2 / Biso mean: 34.08 Å2 / Biso min: 10.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.11→47.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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