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- PDB-5c5y: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwelli... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c5y | ||||||
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Title | Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Colwellia psychrerythraea (hexagonal form) | ||||||
![]() | Deoxyribose-phosphate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic | ||||||
Function / homology | ![]() deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weiergraeber, O.H. / Dick, M. / Pietruszka, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases. Authors: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 452.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5c2xSC ![]() 5c6mC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 28330.271 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: deoC, CPS_1972 / Plasmid: pET21a / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: PEG 1000, calcium acetate, imidazole, triethanolamine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.969 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→49.77 Å / Num. obs: 93159 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 36.38 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 1250142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5C2X Resolution: 2.1→49.77 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 21.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.34 Å2 / Biso mean: 50.4361 Å2 / Biso min: 22.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→49.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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