PDB-5c54: Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c54

タイトル

Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum

要素

Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

キーワード

LYASE / N-acetylneuraminic acid lyase / Aldolase / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum
著者: Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J.

履歴

登録	2015年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c54.cif.gz	518.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c54.ent.gz	424 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c54_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c54_full_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示
XML形式データ	5c54_validation.xml.gz	111.2 KB	表示
CIF形式データ	5c54_validation.cif.gz	170.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c55
類似構造データ	5c55-1 3eb2-d 6arh-d 6h2r-d 2nuy-1 3q68-d 6rb7-d 2nux-1 3cpr-1 5lky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

B: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

C: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

D: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

E: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

F: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

G: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

H: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

263 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

B: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

C: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

D: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

F: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

G: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

H: Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.506, 96.285, 163.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase 分子量: 32759.055 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl2646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NMD2, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris, 1.2 M Lithium chloride, 30% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97908, 0.96406, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月28日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97908	1
2	0.96406	1
3	0.97929	1

Reflection

冗長度: 7.6 % / 数: 1475197 / R_merge(I) obs: 0.14 / Χ²: 1.73 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 194501 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.16	50	1	0.065	4.876	7.6
4.09	5.16	1	0.078	3.136	7.4
3.58	4.09	1	0.093	3.337	7.4
3.25	3.58	1	0.106	3.144	7.5
3.02	3.25	1	0.12	2.599	7.6
2.84	3.02	1	0.137	2.071	7.6
2.7	2.84	1	0.154	1.725	7.6
2.58	2.7	1	0.179	1.484	7.6
2.48	2.58	1	0.199	1.347	7.6
2.39	2.48	1	0.235	1.253	7.6
2.32	2.39	1	0.258	1.192	7.6
2.25	2.32	1	0.287	1.136	7.6
2.19	2.25	1	0.333	1.077	7.6
2.14	2.19	1	0.363	1.025	7.6
2.09	2.14	1	0.42	0.978	7.6
2.05	2.09	1	0.482	0.923	7.6
2.01	2.05	1	0.568	0.871	7.6
1.97	2.01	1	0.678	0.835	7.6
1.93	1.97	1	0.819	0.803	7.6
1.9	1.93	1	0.989	0.779	7.6

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 319011 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.093 / Net I/av σ(I): 20.795 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 2416688

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.66	7.5	0.634	31290	0.855	0.247	0.68	1.26	96.2
1.66-1.72	7.6	0.48	31340	0.91	0.186	0.515	1.281	96.5
1.72-1.8	7.6	0.364	31504	0.945	0.141	0.391	1.218	96.8
1.8-1.9	7.6	0.257	31658	0.973	0.1	0.276	1.14	97.1
1.9-2.02	7.7	0.182	31777	0.985	0.07	0.195	1.169	97.5
2.02-2.17	7.7	0.129	31880	0.991	0.05	0.138	1.104	97.9
2.17-2.39	7.7	0.102	32036	0.994	0.04	0.11	1.026	98.2
2.39-2.74	7.6	0.083	32207	0.996	0.032	0.089	0.921	98.6
2.74-3.45	7.5	0.064	32457	0.997	0.025	0.069	0.93	99.1
3.45-50	7.3	0.048	32862	0.998	0.019	0.052	0.895	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.601→34.268 Å / FOM work R set: 0.8776 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	16084	5.04 %
R_work	0.1633	302867	-
obs	0.1648	318951	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.03 Å² / B_iso mean: 19.12 Å² / B_iso min: 6.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.601→34.268 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18295	0	60	2978	21333
B_iso mean	-	-	30.42	28.24	-
残基数	-	-	-	-	2473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18857
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	25699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.324	6653

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6008-1.619	0.2695	512	0.2205	9493	10005	92
1.619-1.6381	0.2575	491	0.2175	9939	10430	96
1.6381-1.658	0.2505	552	0.2145	9933	10485	96
1.658-1.679	0.2512	493	0.2067	9935	10428	96
1.679-1.7011	0.2565	521	0.2053	9927	10448	96
1.7011-1.7244	0.232	534	0.1965	9991	10525	97
1.7244-1.7491	0.2245	503	0.1937	10024	10527	97
1.7491-1.7752	0.2387	550	0.1904	9916	10466	97
1.7752-1.8029	0.2312	511	0.191	10014	10525	97
1.8029-1.8325	0.2474	528	0.1887	10049	10577	97
1.8325-1.864	0.2134	570	0.1836	9968	10538	97
1.864-1.8979	0.2146	488	0.1774	10105	10593	97
1.8979-1.9344	0.2245	544	0.1844	10057	10601	98
1.9344-1.9739	0.2358	557	0.1816	10005	10562	97
1.9739-2.0168	0.2078	523	0.1731	10122	10645	98
2.0168-2.0637	0.2092	510	0.1694	10134	10644	98
2.0637-2.1154	0.2006	547	0.1672	10051	10598	98
2.1154-2.1725	0.2037	521	0.1704	10136	10657	98
2.1725-2.2365	0.1997	580	0.1668	10137	10717	98
2.2365-2.3086	0.2138	498	0.1647	10161	10659	98
2.3086-2.3911	0.193	519	0.1669	10171	10690	98
2.3911-2.4868	0.1992	573	0.1722	10148	10721	99
2.4868-2.6	0.2143	554	0.1682	10253	10807	99
2.6-2.737	0.2128	553	0.1684	10170	10723	99
2.737-2.9084	0.1972	577	0.1698	10231	10808	99
2.9084-3.1328	0.197	578	0.1671	10256	10834	99
3.1328-3.4478	0.1801	552	0.1579	10298	10850	99
3.4478-3.9461	0.149	544	0.1357	10360	10904	99
3.9461-4.9692	0.1349	553	0.1199	10389	10942	99
4.9692-34.2759	0.1558	548	0.137	10494	11042	99

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