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万見
- PDB-5c3p: Crystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3p
タイトルCrystal structure of the full-length Neurospora crassa T7H in complex with alpha-KG
要素Thymine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / cofactor / DSBH fold
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / Thymine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, W. / Zhang, T. / Ding, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2011CB966301 中国
Ministry of Science and Technology of China2013CB910404 中国
National Natural Science Foundation of China31221001 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08010302 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi
著者: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymine dioxygenase
B: Thymine dioxygenase
C: Thymine dioxygenase
D: Thymine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,90327
ポリマ－154,1534
非ポリマー1,75023
水8,917495
1
A: Thymine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1159
ポリマ－38,5381
非ポリマー5778
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
2
B: Thymine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8675
ポリマ－38,5381
非ポリマー3294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
3
C: Thymine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9296
ポリマ－38,5381
非ポリマー3915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
4
D: Thymine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9917
ポリマ－38,5381
非ポリマー4536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.185, 154.726, 75.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thymine dioxygenase


分子量: 38538.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: NCU06416 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: Q7RYZ9
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 25%(W/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 75367 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.454 / Net I/av σ(I): 17.4 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 249555
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.183.30.4063.275430.8390.2630.4851.0599.9
2.18-2.263.30.30875700.8970.20.3681.07899.9
2.26-2.373.30.23875740.930.1550.2851.15999.9
2.37-2.493.30.18175900.9580.1170.2161.248100
2.49-2.653.40.14475140.970.0930.1721.37199.9
2.65-2.853.40.10775950.9810.0690.1281.49599.9
2.85-3.143.30.08275880.9870.0530.0981.64599.9
3.14-3.593.30.06975640.9890.0450.0821.86699.5
3.59-4.523.20.07173820.9850.0480.0861.88397.1
4.52-503.20.05874470.990.0390.071.81596.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C3O

5c3o


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.564 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 3731 5 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1872 71601 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.17 Å2 / Biso mean: 46.526 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10130 0 104 495 10729
Biso mean--57.49 54.61 -
残基数----1282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01910468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.96114151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.564322815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59551274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39324.614505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.809151731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5951554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4783.7765120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4773.7755119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4535.6476383
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 309 -
Rwork0.223 5082 -
all-5391 -
obs--96.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5440.03770.08380.294-0.00330.7217-0.0245-0.0472-0.03510.0089-0.0004-0.02190.0655-0.02290.02490.03460.00820.01030.03160.00570.010114.70418.395896.0416
20.74850.113-0.16050.9537-0.18040.7134-0.05210.0550.0019-0.1599-0.0057-0.07730.0269-0.00480.05770.0715-0.0290.00680.02160.00480.010229.99458.852581.4022
30.56520.06310.06640.444-0.15890.584-0.06910.13740.0366-0.07040.03510.01930.0143-0.0010.0340.0489-0.0205-0.01210.07350.00240.00732.972723.650560.2337
40.80350.4601-0.00311.021-0.21290.93590.0834-0.13280.04640.2346-0.10350.0762-0.05560.05090.02010.1021-0.03810.00520.0314-0.00350.010219.860357.288242.2017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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