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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c3o | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal truncated Neurospora crassa T7H (NcT7HdeltaC) in apo form | |||||||||||||||
![]() | Thymine dioxygenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / apo form / DSBH fold | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() small molecule biosynthetic process / : / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the substrate specificity and catalytic mechanism of thymine-7-hydroxylase in fungi 著者: Li, W. / Zhang, T. / Ding, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34913.586 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: NCU06416 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES, 30%(W/v) PEGMME 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20591 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.555 / Net I/av σ(I): 29.2 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 217111 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 141.55 Å2 / Biso mean: 50.323 Å2 / Biso min: 24.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.8585 Å / Origin y: 48.9611 Å / Origin z: 31.6384 Å
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