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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfe
タイトルStructure of the Candida albicans cytosolic leucyl-tRNA synthetase editing domain
要素CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE / LEUCYL-TRNA SYNTHETASE / EDITING DOMAIN / CANDIDA ALBICANS / HYDROLYSIS OF MIS-CHARGED TRNAS
機能・相同性Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種CANDIDA ALBICANS (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seiradake, E. / Mao, W. / Hernandez, V. / Baker, S.J. / Plattner, J.J. / Alley, M.R.K. / Cusack, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of the Human and Fungal Cytosolic Leucyl-tRNA Synthetase Editing Domains: A Structural Basis for the Rational Design of Antifungal Benzoxaboroles.
著者: Seiradake, E. / Mao, W. / Hernandez, V. / Baker, S.J. / Plattner, J.J. / Alley, M.R.K. / Cusack, S.
履歴
登録2009年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
B: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
C: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
D: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,9864
ポリマ－117,9864
非ポリマー00
水00
1
A: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4971
ポリマ－29,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4971
ポリマ－29,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4971
ポリマ－29,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4971
ポリマ－29,4971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.060, 43.040, 122.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.57, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRSERSERAA280 - 3023 - 25
21TYRTYRSERSERBB280 - 3023 - 25
31TYRTYRSERSERCC280 - 3023 - 25
41TYRTYRSERSERDD280 - 3023 - 25
12LEULEUPHEPHEAA312 - 33935 - 62
22LEULEUPHEPHEBB312 - 33935 - 62
32LEULEUPHEPHECC312 - 33935 - 62
42LEULEUPHEPHEDD312 - 33935 - 62
13PROPROSERSERAA371 - 38394 - 106
23PROPROSERSERBB371 - 38394 - 106
33PROPROSERSERCC371 - 38394 - 106
43PROPROSERSERDD371 - 38394 - 106
14GLYGLYVALVALAA408 - 465131 - 188
24GLYGLYVALVALBB408 - 465131 - 188
34GLYGLYVALVALCC408 - 465131 - 188
44GLYGLYVALVALDD408 - 465131 - 188
15ASNASNASNASNAA481 - 527204 - 250
25ASNASNASNASNBB481 - 527204 - 250
35ASNASNASNASNCC481 - 527204 - 250
45ASNASNASNASNDD481 - 527204 - 250

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999985, 0.002307, -0.00504), (0.002382, 0.999888, -0.014812), (0.005005, -0.014824, -0.999878)-103.8539, -22.0616, -93.9137
2given(0.311512, 0.948227, -0.061849), (-0.936314, 0.295192, -0.190205), (-0.162101, 0.117162, 0.979794)-18.7625, -79.0488, -36.548
3given(0.267172, -0.02164, 0.963405), (-0.014656, 0.999541, 0.026516), (-0.963537, -0.021204, 0.266733)7.4693, 5.8705, -134.4839

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要素

#1: タンパク質
CYTOSOLIC LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 29496.615 Da / 分子数: 4 / 断片: EDITING OR CP1 DOMAIN RESIDUES 280-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA ALBICANS (酵母) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / Variant (発現宿主): 10G / 参照: UniProt: Q5A9A4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 0.05 M SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE PH 6.5, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 21666 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.55
反射 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→28.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / SU B: 53.053 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.555 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30085 1112 5.1 %RANDOM
Rwork0.24148 ---
obs0.24457 20555 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20.24 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7760 0 0 0 7760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0231.97810713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1535976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.24325.286350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.43151406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4351527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.54886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63127921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.81533031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4524.52792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1324 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
3Ctight positional0.020.05
4Dtight positional0.020.05
1Atight thermal2.0630
2Btight thermal1.730
3Ctight thermal2.7630
4Dtight thermal2.0430
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 52 -
Rwork0.292 1048 -
obs--66.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13821.7463-0.6092.7142-0.75663.51930.1154-0.1908-0.02530.2333-0.1094-0.2303-0.1128-0.0009-0.0060.05260.0172-0.04140.0348-0.01750.0463-38.697-10.966-35.943
21.5298-0.6475-0.4512.59390.85074.1130.14890.07930.029-0.0704-0.13290.1996-0.0108-0.3564-0.0160.0323-0.021-0.01910.07510.02890.0454-65.07410.308-57.949
31.2794-0.54210.24013.8981-2.14365.01540.0845-0.21060.13620.377-0.02980.0429-0.07030.1569-0.05470.1176-0.0523-0.02170.2053-0.03620.0514-69.7881.23-12.105
43.1091.01660.36323.49480.79911.96610.0959-0.20610.16320.2832-0.0648-0.0150.1084-0.0918-0.03110.2013-0.0246-0.04720.20760.0270.0602-107.352-17.859-18.794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 528
2X-RAY DIFFRACTION2B279 - 528
3X-RAY DIFFRACTION3C279 - 529
4X-RAY DIFFRACTION4D279 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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