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- PDB-5kew: Vibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex bound to the bile salt ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kew
タイトルVibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex bound to the bile salt taurodeoxycholate
要素
  • VtrA Protein
  • VtrC Protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / heterodimer / alpha/beta / calycin beta barrel superfamily / bile salt receptor / taurodeoxycholate
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / VtrA C-terminal periplasmic domain / VtrC lipocalin-like domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Taurodeoxycholate / ACETATE ION / Uncharacterized protein / Putative transcriptional regulator ToxR
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.103 Å
Model detailsThe C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal ...The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal periplasmic domain of VtrC extends from residue 31 to 161.
データ登録者Tomchick, D.R. / Orth, K. / Rivera-Cancel, G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Bile salt receptor complex activates a pathogenic type III secretion system.
著者: Li, P. / Rivera-Cancel, G. / Kinch, L.N. / Salomon, D. / Tomchick, D.R. / Grishin, N.V. / Orth, K.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VtrA Protein
B: VtrC Protein
C: VtrA Protein
D: VtrC Protein
E: VtrA Protein
F: VtrC Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,36318
ポリマ－83,7046
非ポリマー2,65912
水3,477193
1
A: VtrA Protein
B: VtrC Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1778
ポリマ－27,9012
非ポリマー1,2766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
C: VtrA Protein
D: VtrC Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6896
ポリマ－27,9012
非ポリマー7884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
3
E: VtrA Protein
F: VtrC Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4974
ポリマ－27,9012
非ポリマー5962
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.385, 71.276, 203.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 VtrA Protein


分子量: 10982.484 Da / 分子数: 3
断片: VtrA C-terminal periplasmic domain, UNP residues 161-253
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1332 / プラスミド: pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GI4
#2: タンパク質 VtrC Protein


分子量: 16918.775 Da / 分子数: 3
断片: VtrC C-terminal periplasmic domain, UNP residues 31-161
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GI3

-
非ポリマー , 5種, 205分子

#3: 化合物
ChemComp-6SB / Taurodeoxycholate / 2-[[(4~{R})-4-[(3~{R},5~{R},8~{R},9~{S},10~{S},12~{S},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-3,12-bis(oxidanyl)-2,3,4,5,6 ,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]pentanoyl]amino]ethanesulfonic acid / タウロデオキシコ-ル酸


分子量: 499.704 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H45NO6S
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 % / Mosaicity: 0.385 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM taurodeoxycholine, 22.5% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35.638 Å / Num. obs: 45762 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.9 / Net I/av σ(I): 15.889 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 176526
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.142.80.362179.4
2.14-2.182.60.353182.3
2.18-2.222.90.312187.2
2.22-2.263.10.304190.8
2.26-2.313.20.306193.4
2.31-2.373.40.313194.6
2.37-2.423.50.339198.3
2.42-2.493.80.345199.1
2.49-2.563.90.312198.8
2.56-2.653.80.289197.8
2.65-2.744.40.239199.5
2.74-2.854.50.186199.9
2.85-2.984.40.147199.8
2.98-3.144.40.111199.9
3.14-3.334.30.083199.2
3.33-3.594.20.065197.2
3.59-3.954.50.059199.5
3.95-4.524.40.052199.7
4.52-5.74.10.047197.6
5.7-504.10.037197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化解像度: 2.103→35.638 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2000 4.84 %random
Rwork0.1965 ---
obs0.1982 41304 86.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.85 Å2 / Biso mean: 39.3728 Å2 / Biso min: 5.81 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.103→35.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5411 0 361 193 5965
Biso mean--44.28 35.32 -
残基数----651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4877757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3893327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.103-2.15550.2588910.21421807189857
2.1555-2.21370.25291030.21862011211462
2.2137-2.27890.27411120.20182189230169
2.2789-2.35240.29691210.20142378249974
2.3524-2.43650.26591290.20162538266779
2.4365-2.5340.22051400.21162750289085
2.534-2.64930.26211450.21652858300388
2.6493-2.78890.23211600.21423133329398
2.7889-2.96360.26971630.21732253388100
2.9636-3.19230.23941660.204832403406100
3.1923-3.51330.2131620.1973194335698
3.5133-4.0210.22281670.17932723439100
4.021-5.06380.18241680.15523296346499
5.0638-35.64310.23951730.21783413358698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0416-0.0179-0.0520.01180.03480.13910.0839-0.0225-0.00780.00080.0538-0.09320.03250.09670.14340.066-0.0043-0.02170.1686-0.04310.1659-13.41510.46921.7426
20.09840.0512-0.00280.0348-0.02060.07490.0573-0.02460.0152-0.00180.0787-0.01210.0459-0.00250.2363-0.1219-0.1109-0.13240.0833-0.11040.1306-22.032513.369-2.2993
30.0066-0.0007-0.0130.0358-0.02320.12060.0089-0.014-0.0049-0.04070.0113-0.00960.1044-0.0217-0.03570.0226-0.0416-0.09810.0014-0.14110.0425-27.90226.647-15.4563
40.03880.0193-0.00820.0184-0.01130.00830.0267-0.0282-0.0177-0.02830.0115-0.01140.0033-0.05240.02180.12530.0892-0.02110.2447-0.06130.193-32.657611.0596-19.9325
50.01150.0191-0.01110.0348-0.01970.016-0.07870.0137-0.0567-0.05550.0666-0.04180.0488-0.01490.00690.14520.0697-0.01560.2469-0.06650.1817-22.37384.3238-23.7142
60.00660.00970.00110.0187-0.00630.0213-0.0041-0.00310.0156-0.11630.06350.01-0.0136-0.0185-0.00020.21060.0723-0.04910.2118-0.0390.1795-30.70839.4248-27.4332
70.0021-0.0077-0.00880.0260.03080.03770.05930.0989-0.0008-0.05540.0634-0.0665-0.05580.02590.00860.15920.0516-0.02690.2367-0.04440.2651-17.32587.8717-22.5298
80.10420.0145-0.04710.0076-0.00730.06140.06170.0545-0.0516-0.01220.0824-0.03930.0120.08650.05750.128-0.0039-0.05130.1425-0.04410.1905-19.33764.4539-13.3258
90.0051-0.0069-0.00640.02850.02940.03010.0114-0.00980.02260.00260.0129-0.01420.0563-0.0280.00540.1215-0.0414-0.06660.0671-0.070.1705-23.11570.1818-11.8174
100.0008-0.0005-0.00080.00070.00020.00070.00190.0016-0.00350.0092-0.0065-0.0143-0.00090.0102-00.23670.1005-0.06060.2592-0.05820.21967.4869-12.0643-47.8132
110.0007-0.000200.00010.00010.00540.07250.03030.00420.01650.0545-0.0018-0.016-0.0121-00.25620.0502-0.04380.1839-0.01850.1822-4.2963-4.0735-49.703
120.0016-0.0008-0.00090.0017-0.00150.00210.019-0.0102-0.0196-0.02140.02980.0288-0.0003-0.0553-00.23980.0496-0.04330.2124-0.06590.189-12.1895-5.2945-46.6441
130.00940.0011-0.00380.0004-0.00070.0031-0.0030.00380.0126-0.0039-0.01450.0075-0.00360.00100.26350.06260.01260.3165-0.04740.376-10.58018.0892-41.2237
140.0071-0.0018-0.00220.00130.00240.0037-0.0034-0.0012-0.0117-0.0006-0.0082-0.00240.0217-0.021400.1610.0365-0.02190.1697-0.02460.1381-0.7067-5.1911-40.7698
1500-00.0007-0.00010.00170.0002-0.00120.0025-0.0021-0.0006-0.008-0.0044-0.0018-00.59470.00520.00560.5362-0.07580.6466-0.617912.0149-39.6697
160.03810.0175-0.01070.017-0.00750.00610.0094-0.01570.0306-0.00360.00670.0051-0.02630.02370.00140.1798-0.0347-0.01190.214-0.04020.1284-0.2795-2.902-33.4784
170.0003-0.00030.00090.0002-0.00050.0010.0003-0.0105-0.0130.0040.001-0.0035-0.00250.008900.4503-0.0834-0.0720.4030.06320.4839-7.9105-17.1441-35.5006
180.00270.0003-0.00340.0024-0.00280.00540.0744-0.03130.02150.00410.03660.04680.0042-0.01960.00010.1618-0.02050.05350.2623-0.05640.2417-10.7688-3.8786-35.1889
190.0065-0.004-0.00010.01440.01780.0201-0.0159-0.0219-00.04350.0416-0.02640.0539-0.023700.2265-0.06250.00170.1928-0.01530.14117.1307-1.8724-31.4826
200.02220.00480.00210.0127-0.01380.02160.02560.00590.0270.09440.04920.03240.01320.04880.0010.2038-0.02920.01340.2649-0.04010.121212.4802-1.569-28.5368
210.02770.00150.00560.04170.00080.00240.060.0112-0.05770.11280.0205-0.1415-0.0321-0.0076-0.00370.22650.0014-0.03130.3222-0.05940.151418.8484-5.4555-33.9683
220.006-0.00650.00470.0046-0.00370.00290.0189-0.0183-0.0209-0.00480.00430.0242-0.0115-0.0047-00.41210.011-0.10120.298-0.00020.235318.5215-8.4288-23.2681
230.03320.0245-0.0110.0243-0.0130.00820.0210.02590.012-0.0080.01880.012-0.0066-0.00990.00490.23480.0138-0.00740.2021-0.07030.132411.2772-3.0825-46.5913
240.0106-0.00420.00290.00630.00720.01180.02660.03380.0052-0.0180.0113-0.02830.00090.0377-00.2094-0.0285-0.02780.1592-0.0070.12078.99150.4628-40.2923
250.00690.00570.00230.00430.00190.00150.00580.01370.02060.06220.02530.0146-0.0398-0.021800.33090.03030.0570.17040.01350.2498.66336.7595-15.9563
260.00420.003200.00410.00650.0180.0433-0.0138-0.00640.051-0.0042-0.0042-0.0108-0.01980.00010.5150.0312-0.00380.14060.01980.24489.829745.7833-11.5096
270.01460.0077-0.02870.0242-0.00160.0808-0.01570.05010.0829-0.0060.02460.0791-0.0664-0.0674-0.00490.23410.01290.00660.10460.02380.20778.075643.7309-24.7552
280.02480.0031-0.02370.0409-0.01020.02360.01630.0110.0175-0.00530.01440.0104-0.04530.0110.01290.4358-0.0684-0.09940.1765-0.02550.280516.471650.1194-19.8262
290.0052-0.0022-0.00320.0049-0.00330.0061-0.01870.00140.01840.0252-0.005-0.0058-0.0545-0.028200.1811-0.0539-0.01420.20110.04740.26529.082836.7487-37.4345
300.0178-0.0149-0.00450.01120.00030.01230.127-0.07240.0471-0.02530.0878-0.0682-0.0155-0.00450.00040.2958-0.08990.01240.24170.01280.236316.268137.7615-39.0277
310.0881-0.05220.05120.0371-0.02380.03020.06820.0271-0.0859-0.06770.09020.0465-0.01510.0850.01310.2592-0.00490.030.2026-0.01450.212316.682528.8697-39.3962
320.0045-0.0005-0.00560.00360.00070.006-0.0366-0.0032-0.0407-0.0072-0.0259-0.0058-0.0030.036900.3262-0.01220.07850.3240.00670.341525.621734.7787-45.7027
330.00210.0004-0.00180.0037-0.00330.00310.029-0.0140.00080.01550.04090.00160.0186-0.033800.23380.03370.0180.13530.02970.246310.852627.0516-28.3198
340.00470.0055-0.00990.0106-0.01260.01650.0384-0.0055-0.01150.02720.03680.0392-0.00180.0335-00.16730.0203-0.00560.22770.01450.13717.958134.2292-31.5782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 165 through 205 )A165 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 206 through 253 )A206 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 0 through 59 )B0 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 60 through 78 )B60 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 79 through 95 )B79 - 95
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 96 through 121 )B96 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 122 through 139 )B122 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 140 through 153 )B140 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 154 through 161 )B154 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 164 through 168 )C164 - 168
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 169 through 182 )C169 - 182
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 183 through 199 )C183 - 199
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 200 through 205 )C200 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 206 through 221 )C206 - 221
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 222 through 226 )C222 - 226
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 227 through 233 )C227 - 233
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 234 through 239 )C234 - 239
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 240 through 253 )C240 - 253
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 31 through 48 )D31 - 48
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 49 through 76 )D49 - 76
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 77 through 109 )D77 - 109
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 110 through 131 )D110 - 131
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 132 through 139 )D132 - 139
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 140 through 161 )D140 - 161
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 166 through 182 )E166 - 182
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 183 through 199 )E183 - 199
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 200 through 233 )E200 - 233
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 234 through 253 )E234 - 253
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 31 through 42 )F31 - 42
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 43 through 72 )F43 - 72
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 73 through 109 )F73 - 109
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 110 through 129 )F110 - 129
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 130 through 139 )F130 - 139
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 140 through 161 )F140 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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