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- PDB-5c3l: Structure of the metazoan Nup62.Nup58.Nup54 nucleoporin complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3l
タイトルStructure of the metazoan Nup62.Nup58.Nup54 nucleoporin complex.
要素
  • Nanobody Nb15
  • Nucleoporin Nup58
  • Nucleoporin Nup62
  • Nup54
  • Part of Nup54 N-terminus with weak electron density, built as poly-alanine.
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleoporin / heterotrimeric coiled coils / kink containing coiled-coils / six helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA transport / nuclear pore / phospholipid binding ...protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA transport / nuclear pore / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region ...Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin 54kDa S homeolog isoform X2 / MGC84997 protein / IL4I1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chug, H. / Trakhanov, S. / Hulsmann, B.B. / Pleiner, T. / Gorlich, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the metazoan Nup62Nup58Nup54 nucleoporin complex.
著者: Chug, H. / Trakhanov, S. / Hulsmann, B.B. / Pleiner, T. / Gorlich, D.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nup54
B: Nucleoporin Nup58
C: Nucleoporin Nup62
D: Nanobody Nb15
H: Part of Nup54 N-terminus with weak electron density, built as poly-alanine.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6965
ポリマ－84,6965
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15280 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.570, 167.570, 142.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nup54


分子量: 37570.781 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled coil / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: K9ZTJ6
#2: タンパク質 Nucleoporin Nup58


分子量: 16233.337 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled coil / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: MGC84997 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: Q5EAX5
#3: タンパク質 Nucleoporin Nup62 / Nuclear pore complex glycoprotein p62


分子量: 17249.256 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled coil / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: nup62, IL4I1 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: Q91349
#4: 抗体 Nanobody Nb15


分子量: 12432.701 Da / 分子数: 1 / 断片: Nanobody / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
遺伝子: Immunoglobulin G / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB SHuffle
#5: タンパク質・ペプチド Part of Nup54 N-terminus with weak electron density, built as poly-alanine.


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: Hexagonal rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: PEG MME 2000, Trimethylamine N-oxide, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Double crystal fixed-exit monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51 Å / Num. obs: 49303 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 101 % / Biso Wilson estimate: 83 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.235 / Rrim(I) all: 0.236 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 39.44 / Num. measured all: 5534630
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-2.870.7956.1061.66354611213720586.12396.3
2.87-2.950.9273.9832.82413877209320133.99396.2
2.95-3.040.9423.1463.7409879205219853.15396.7
3.04-3.130.9632.534.68395994196419302.53698.3
3.13-3.230.9771.7167389745195219261.7298.7
3.23-3.350.9881.2339.82365224183918231.23699.1
3.35-3.470.9930.86914.21353217180317940.87199.5
3.47-3.610.9960.64719.26336708174117360.64899.7
3.61-3.780.9980.46725.84310961166616590.46999.6
3.78-3.960.9990.32934.66276787160416000.3399.8
3.96-4.170.9990.22648.61263870153115290.22699.9
4.17-4.4310.15170.41274771146014560.15199.7
4.43-4.7310.13576.91266454136113590.13599.9
4.73-5.1110.10690.84246402128512850.107100
5.11-5.610.12779.57224955119211910.12899.9
5.6-6.2610.13176.26196378107110690.13199.8
6.26-7.2310.193.371654349729720.1100
7.23-8.8510.059122.231250598348340.059100
8.85-12.5210.042169.941098836606600.042100
12.5210.04152.14544214144040.0497.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4hep

4hep


解像度: 2.9→50.878 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 1479 3.01 %
Rwork0.2647 --
obs0.2658 26500 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4020 0 0 0 4020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9225475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5011578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.99360.39831290.35384185X-RAY DIFFRACTION95
2.9936-3.10060.37791260.35054263X-RAY DIFFRACTION97
3.1006-3.22470.3241360.30224255X-RAY DIFFRACTION98
3.2247-3.37140.33011320.26944325X-RAY DIFFRACTION98
3.3714-3.54910.36611380.2534360X-RAY DIFFRACTION99
3.5491-3.77140.29011370.24464344X-RAY DIFFRACTION99
3.7714-4.06250.26451380.23244357X-RAY DIFFRACTION100
4.0625-4.47110.26911370.21644380X-RAY DIFFRACTION100
4.4711-5.11760.26321340.22954385X-RAY DIFFRACTION100
5.1176-6.44560.32241370.31344374X-RAY DIFFRACTION100
6.4456-50.88590.30441350.2814389X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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