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- PDB-6x07: Nic96 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x07
タイトルNic96 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN12
要素
  • Nucleoporin NIC96
  • VHH-SAN12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport ...nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / protein import into nucleus / nuclear envelope / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Andersen, K. / Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077537 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A nanobody suite for yeast scaffold nucleoporins provides details of the nuclear pore complex structure.
著者: Nordeen, S.A. / Andersen, K.R. / Knockenhauer, K.E. / Ingram, J.R. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NIC96
B: VHH-SAN12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0012
ポリマ－91,0012
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.126, 79.653, 283.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 76575.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NIC96, YFR002W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34077
#2: 抗体 VHH-SAN12


分子量: 14426.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG 8,000 and 0.1M tri-sodium citrate pH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99 Å / Num. obs: 64457 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 44.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6339 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.677

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QX5

2qx5


解像度: 2.1→60.91 Å / SU ML: 0.2745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3534
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 1997 3.11 %
Rwork0.2271 62274 -
obs0.2277 64271 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→60.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 0 128 5770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1017857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0735914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.68992066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.35021400.35694367X-RAY DIFFRACTION99.51
2.16-2.210.34131410.32564409X-RAY DIFFRACTION99.82
2.21-2.280.37081400.3064414X-RAY DIFFRACTION99.78
2.28-2.350.31581400.29134353X-RAY DIFFRACTION99.76
2.35-2.440.31531420.28084433X-RAY DIFFRACTION99.8
2.44-2.530.28471430.27384443X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.650.25091420.25264432X-RAY DIFFRACTION99.89
2.65-2.790.32011420.26314406X-RAY DIFFRACTION99.93
2.79-2.960.28281430.24644453X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.190.26351450.25024500X-RAY DIFFRACTION99.94
3.19-3.510.22591420.23064453X-RAY DIFFRACTION99.98
3.51-4.020.22951470.20064561X-RAY DIFFRACTION99.98
4.02-5.070.20921450.17554532X-RAY DIFFRACTION99.72
5.07-60.910.20931450.21164518X-RAY DIFFRACTION93.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7930627179460.007991631388812.04660964676-1.12787130770.7320860220763.93666261006-0.531508395676-0.3441723785210.4136327454540.130361687968-0.1365687004410.184859204574-1.63435750128-0.4230148031050.6238438136971.68338475650.0356304421586-0.227718574280.78867522237-0.1248622509850.585786350027-15.550588457411.527377489763.2908749768
25.45641106123-0.9101160625430.425824066338.499306952761.01028473947.02187242874-0.233102991755-0.121474943603-0.1850201584540.2237430189470.06897017002230.7782243136020.425612249828-0.7662808443540.1978562574480.667167760536-0.04087437452960.01066812796980.435637799085-0.04906794231460.441741479155-26.3537324466-1.4399690624736.2929570069
31.56667858671-0.07865676372241.061212342871.24282135581.473122584275.32899845945-0.03455763209140.0351815323229-0.03603451854690.5058335886110.0293944564652-0.171599554169-0.04270818290.4641100106260.03452227467350.807090684617-0.0726975407141-0.04881476937050.452034664260.009797848287460.38384897531-11.531641596-7.1375877635540.5660641938
40.6347954690470.9029213297052.78065162710.04555715662082.45742517776.75213830574-0.1167947102420.0875132436592-0.0909384056042-0.4917567213880.1343212761740.0479917891001-0.212888374930.249591217358-0.05083318782141.09236566084-0.0647112146055-0.1781780280310.580055379312-0.0532883046190.4881236588370.03023130958847.7829417966586.8869823893
53.619354249820.2373628107041.384471750132.678103848560.6359029236514.913011414140.11271440519-0.183028559940.1108927584140.0473047545521-0.04354827864270.0726108528837-0.0216081784717-0.261941759554-0.04369674883150.162111946814-0.02114490482040.02284736362250.3337618296790.007410562609860.32087321192810.38506797120.4192631173132.885580723
64.32933072154-3.31932966951-1.191240155483.784759718950.6338394865626.024367907520.6181318527510.21290490845-0.810053394119-0.693734391936-0.23445603249-0.3290489009921.071359857810.635781383553-0.3997658664091.1080425452-0.0508332671905-0.2003099991350.447539959757-0.1044364336550.84457379191717.5031711011-10.1252540535118.459330563
71.62176966256-0.788006130311-0.694463615343.72301261469-0.4684182685740.4855599101250.444629737702-0.0444948085921-1.075624743120.780978299838-0.06841578955510.6017148609330.871819775991-0.102505227809-0.2452072942431.45417707981-0.18016759949-0.3374411422150.454068108826-0.02516332787691.000776332027.30981276899-16.2070932861121.448457009
86.15075428573-0.9927790452370.2847208280385.820857395450.7202632048123.574524858820.321797632115-0.715917489166-0.5633819213361.33760119719-0.036629810501-0.2462572565790.799471309132-0.110953128494-0.2052108630531.0413396461-0.147932112854-0.2155730814620.484020430993-0.003632068635930.50847030599410.4890479606-6.60454574306126.957449681
93.159324791080.729274934620.4001439238154.18905412681-0.8218965230331.295631822710.834420761340.243965383995-0.369061841858-0.04228443414310.0369115546059-0.4102723583411.021732649540.552861464189-0.7511077150590.9505438596810.00542174817718-0.223582496590.396527644665-0.07677523371740.84839841034519.4079414482-5.80291162996121.557917158
102.31766399965-0.3159399495721.140136944774.403171865390.1039584789021.2043179762-0.0523610467138-0.141526236498-0.5969277733040.8214633005730.3204171111690.1591015933961.08318769011-0.841509116686-0.3156425878142.00074929309-0.144654866159-0.4245848136130.479654758080.2001239643350.93973542262913.6071001273-19.7648906835132.774307376
113.66691424648-1.19362975852-0.5644400575434.92879114303-1.465155729033.83132467630.352878721956-0.347542919788-1.124796296440.5422537203440.021766116375-0.5963609990060.7226761619670.0834810186885-0.431370325021.33559143815-0.054187368815-0.1798920011390.469158064586-0.06464483984090.85639147670711.1269029909-14.1201241534118.69227978
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 199 through 312 )AA199 - 3121 - 105
22chain 'A' and (resid 313 through 383 )AA313 - 383106 - 176
33chain 'A' and (resid 384 through 469 )AA384 - 469177 - 262
44chain 'A' and (resid 470 through 667 )AA470 - 667263 - 444
55chain 'A' and (resid 668 through 839 )AA668 - 839445 - 617
66chain 'B' and (resid 2 through 33 )BB2 - 331 - 32
77chain 'B' and (resid 34 through 44 )BB34 - 4433 - 43
88chain 'B' and (resid 45 through 72 )BB45 - 7244 - 71
99chain 'B' and (resid 73 through 82 )BB73 - 8272 - 81
1010chain 'B' and (resid 83 through 90 )BB83 - 9082 - 89
1111chain 'B' and (resid 91 through 97 )BB91 - 9790 - 96
1212chain 'B' and (resid 98 through 104 )BB98 - 10497 - 103
1313chain 'B' and (resid 105 through 118 )BB105 - 118104 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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