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- PDB-5c3i: Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 hete... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3i
タイトルCrystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2
要素
  • DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
  • Histone H3.1
  • Histone H4
  • Histone chaperone ASF1A
キーワードREPLICATION / histone / chaperone / ASF1 / MCM protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / histone chaperone activity / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / CMG complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / MCM complex / muscle cell differentiation / double-strand break repair via break-induced replication ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / histone chaperone activity / nuclear origin of replication recognition complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / CMG complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / MCM complex / muscle cell differentiation / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / DNA replication origin binding / cochlea development / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / cellular response to interleukin-4 / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / DNA helicase activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Orc1 removal from chromatin / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / site of double-strand break / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / gene expression / DNA helicase / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / DNA replication / cilium / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain ...Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Histone, subunit A / Histone, subunit A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor MCM2 / Histone H4 / Histone H3.1 / Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang, H. / Wang, M. / Yang, N. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31210103914 中国
National Natural Science Foundation of China34130018 中国
MOST2015CB856202 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2
著者: Wang, H. / Wang, M. / Yang, N. / Xu, R.M.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone ASF1A
B: Histone H3.1
C: Histone H4
D: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
E: Histone chaperone ASF1A
F: Histone H3.1
G: Histone H4
H: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
I: Histone chaperone ASF1A
J: Histone H3.1
K: Histone H4
L: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
M: Histone chaperone ASF1A
N: Histone H3.1
O: Histone H4
P: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
Q: Histone chaperone ASF1A
R: Histone H3.1
S: Histone H4
T: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2
U: Histone chaperone ASF1A
V: Histone H3.1
W: Histone H4
X: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,73024
ポリマ－347,73024
非ポリマー00
水00
1
I: Histone chaperone ASF1A
J: Histone H3.1
K: Histone H4
L: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Histone chaperone ASF1A
B: Histone H3.1
C: Histone H4
D: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11540 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
3
E: Histone chaperone ASF1A
F: Histone H3.1
G: Histone H4
H: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
4
M: Histone chaperone ASF1A
N: Histone H3.1
O: Histone H4
P: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
5
Q: Histone chaperone ASF1A
R: Histone H3.1
S: Histone H4
T: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
6
U: Histone chaperone ASF1A
V: Histone H3.1
W: Histone H4
X: DNA replication licensing factor MCM2,MCM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9554
ポリマ－57,9554
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.704, 147.704, 261.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / hCIA


分子量: 21375.646 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: タンパク質
Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 15437.167 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H3A, H3FA, HIST1H3B, H3FL, HIST1H3C, H3FC, HIST1H3D, H3FB, HIST1H3E, H3FD, HIST1H3F, H3FI, HIST1H3G, H3FH, HIST1H3H, H3FK, HIST1H3I, H3FF, HIST1H3J, H3FJ
プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431
#3: タンパク質
Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#4: タンパク質
DNA replication licensing factor MCM2,MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2 homolog / Nuclear protein BM28


分子量: 9747.712 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 63-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM2, BM28, CCNL1, CDCL1, KIAA0030 / プラスミド: pET-28a-smt3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49736, DNA helicase
Has protein modificationN
配列の詳細SEQUENCE FOR THE UNK RESIDUES OF ENTITY 4 (MCM2) SHOULD BE GRGLGRMRRGLLYDSDEEDEERPARKRRQV. ONLY FEW ...SEQUENCE FOR THE UNK RESIDUES OF ENTITY 4 (MCM2) SHOULD BE GRGLGRMRRGLLYDSDEEDEERPARKRRQV. ONLY FEW DENSITY OF THE REGION IS OBSERVED, WHICH HAS BEEN ASSINGNED UNK D134-140, AND IS SUPPOSED TO BE C-TERMINUS FROM CHAIN D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.787
11-h,-k,l20.213
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 42834 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 0.972 / Net I/av σ(I): 12.833 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 389047
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.639.20.6942210.7920.2430.7330.89100
3.63-3.779.20.55242110.8130.1940.5860.946100
3.77-3.949.20.42342310.8960.1480.4490.979100
3.94-4.159.20.32642520.9470.1140.3460.989100
4.15-4.419.20.2442430.9630.0840.2551.101100
4.41-4.759.20.17242740.9850.0590.1821.09599.9
4.75-5.239.20.14642590.9880.050.1551.02499.8
5.23-5.989.10.14643120.9870.0510.1550.96799.7
5.98-7.538.90.11643360.9920.040.1230.97899.6
7.53-508.30.05944950.9970.0210.0630.73898.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IO5

2io5


解像度: 3.5→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 24.455 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 1987 5 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2175 37994 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.72 Å2 / Biso mean: 47.324 Å2 / Biso min: 23.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.15 Å20 Å20 Å2
2---7.15 Å20 Å2
3---14.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17655 0 0 0 17655
残基数----2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01917949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9151.96824267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.85152173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.31323.468940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22153152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5515201
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113769
LS精密化 シェル解像度: 3.48→3.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 96 -
Rwork0.254 1873 -
all-1969 -
obs--62.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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