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- PDB-5c0s: Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0s
タイトルCrystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261
要素
  • CR6261 antibody heavy chain
  • CR6261 antibody light chain
  • Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hemagglutinin / immunogen / trimer / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral budding from plasma membrane / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral budding from plasma membrane / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Envelope glycoprotein gp160 / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Boyington, J.C. / Kwong, P.D. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R.
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2015
タイトル: Hemagglutinin-stem nanoparticles generate heterosubtypic influenza protection.
著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / ...著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / Syed M Moin / Hanne Andersen / Yoshinobu Okuno / Srinivas S Rao / Audray K Harris / Peter D Kwong / John R Mascola / Gary J Nabel / Barney S Graham /
要旨: The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of ...The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of influenza vaccines. In contrast, the immunogenically subdominant stem region of HA is highly conserved and recognized by antibodies capable of binding multiple HA subtypes. Here we report the structure-based development of an H1 HA stem-only immunogen that confers heterosubtypic protection in mice and ferrets. Six iterative cycles of structure-based design (Gen1-Gen6) yielded successive H1 HA stabilized-stem (HA-SS) immunogens that lack the immunodominant head domain. Antigenic characterization, determination of two HA-SS crystal structures in complex with stem-specific monoclonal antibodies and cryo-electron microscopy analysis of HA-SS on ferritin nanoparticles (H1-SS-np) confirmed the preservation of key structural elements. Vaccination of mice and ferrets with H1-SS-np elicited broadly cross-reactive antibodies that completely protected mice and partially protected ferrets against lethal heterosubtypic H5N1 influenza virus challenge despite the absence of detectable H5N1 neutralizing activity in vitro. Passive transfer of immunoglobulin from H1-SS-np-immunized mice to naive mice conferred protection against H5N1 challenge, indicating that vaccine-elicited HA stem-specific antibodies can protect against diverse group 1 influenza strains.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
H: CR6261 antibody heavy chain
L: CR6261 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4513
ポリマ－81,4513
非ポリマー00
水00
1
A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
H: CR6261 antibody heavy chain
L: CR6261 antibody light chain

A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
H: CR6261 antibody heavy chain
L: CR6261 antibody light chain

A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
H: CR6261 antibody heavy chain
L: CR6261 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,3529
ポリマ－244,3529
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.649, 101.649, 186.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein / Env polyprotein


分子量: 34211.746 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered fusion between an influenza hemagglutinin stem, an HIV-1 gp41 six-helix bundle and T4 phage foldon
由来: (組換発現) Influenza A virus, Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B, Enterobacteria phage T4
株: A/New Caledonia/20/1999(H1N1), isolate HXB2 / 遺伝子: HA, env, wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI-/- / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6WG00, UniProt: P04578, UniProt: D9IEJ2
#2: 抗体 CR6261 antibody heavy chain


分子量: 23981.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 CR6261 antibody light chain


分子量: 23257.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 4799 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 4.3→4.45 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
Coot0.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RU7 (5-36, 315-323 chain A, 514-559, 590-660 chain B), 1SZT (3-29, 42-67 chain A), 3GBM (chains H and L)

1ru7

1szt

3gbm


解像度: 4.3→27.06 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 39.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 241 5.02 %Random selection
Rwork0.238 ---
obs0.241 4799 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→27.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5158 0 0 0 5158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9827162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1571905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3027-5.41390.35981230.28912261X-RAY DIFFRACTION99
5.4139-27.06050.28811180.21662297X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0331-0.0283-0.03420.11160.07720.05310.06050.03740.17950.085-0.2739-0.2686-0.2452-0.2341-0.32820.6544-0.2688-0.1-0.75280.7462-0.6547-0.92221.0681-13.4547
20.3436-0.0202-0.1750.5484-0.18070.45920.0818-0.10510.20030.56230.1143-0.31380.28770.13490.07240.6402-0.2149-0.23950.4960.06890.3572-6.255614.363422.6045
30.13270.54370.04910.52960.05110.01830.42530.3351-0.34250.2041-0.3752-0.242-0.0294-0.3028-0.17470.0052-0.652-0.3641-0.7046-0.8345-0.2803-2.32228.41847.8797
40.1173-0.03360.0240.01830.00340.0394-0.0465-0.06220.18660.0336-0.0740.1845-0.0924-0.1564-0.05090.46950.0612-0.06680.41310.26920.4014-14.788122.6427-31.2788
5-0.0016-0.00820.0026-0.00220.0032-0.0034-0.2168-0.0142-0.00590.01810.0204-0.0076-0.0382-0.017-0.00041.31030.08340.04050.2869-0.1630.9161-16.246618.6361-43.7728
6-0.00140.005-0.00580.32360.15350.0676-0.0925-0.0857-0.1030.047-0.14190.1436-0.0636-0.255-0.27480.49870.70020.2981-0.16390.26960.5161-38.403949.9135-2.7002
70.02940.0382-0.00190.03110.00310.00420.36810.124-0.1169-0.19310.01520.07880.091-0.0401-0.00030.8595-0.08840.23270.5165-0.39790.6962-28.543843.5258-9.0068
80.0426-0.06210.00450.1355-0.02060.0074-0.0684-0.0879-0.0239-0.1746-0.0656-0.0950.18290.02950.01890.3349-0.14410.49380.8444-0.49390.3267-31.103935.5542-0.2504
90.1273-0.06040.110.084-0.03970.10120.31430.41990.2548-0.23880.07970.51530.19240.5391-0.0689-0.97680.5046-0.2660.77410.18340.2365-33.404445.9779-1.1199
100.24790.1447-0.0730.1941-0.02750.3728-0.20920.1589-0.1497-0.1328-0.1146-0.07740.3781-0.23690.1020.2918-0.00390.46650.40740.32470.303-30.8966.737725.1458
110.0422-0.0351-0.0230.05040.00860.08550.153-0.0621-0.1924-0.07040.13140.14350.02440.05330.10610.48940.49850.10710.33920.04630.8881-33.004164.022717.6237
120.01970.0426-0.04450.2009-0.13770.1102-0.1930.13610.08760.0031-0.2517-0.0309-0.16150.233-0.11470.89560.63290.040.36030.02170.3075-30.03175.212824.0844
130.1163-0.04610.08060.0020.02230.1220.11130.1380.01040.0425-0.01260.052-0.0641-0.13320.266-0.22890.7529-0.46170.4995-0.70370.8578-39.621972.851523.9145
140.1511-0.0233-0.11640.05260.10010.39140.2305-0.24020.05250.2520.1956-0.3183-0.3777-0.00340.69380.7956-0.2051-0.2641-0.2082-1.0659-1.2126-11.708139.52884.7212
150.12780.02180.02810.26790.03810.0055-0.0773-0.08990.152-0.0228-0.0001-0.16630.29830.35120.0480.76240.03870.15940.20290.01110.3045-6.448740.3817.4455
160.0475-0.0850.04150.2654-0.13760.2160.0908-0.13390.2145-0.17020.0230.07730.17580.02510.08460.12840.18650.4206-0.3209-0.12850.8375-16.776538.56382.9671
170.10820.00070.08960.0674-0.00550.13120.3682-0.1746-0.2120.28580.0180.2625-0.18640.12580.27-0.0169-0.5716-0.507-0.0057-0.7416-0.0036-16.598645.614811.2961
180.00790.0002-0.02850.30250.02990.10950.0469-0.0172-0.0109-0.0081-0.0662-0.0639-0.1631-0.0819-0.06570.2581-0.07660.14330.1335-0.29660.9002-34.878165.987934.8247
190.0719-0.1149-0.01170.23230.09520.16670.15530.1055-0.0095-0.01640.3181-0.10870.01390.03940.45330.16620.05230.15080.7575-0.39210.1578-25.960656.801530.2905
200.17270.15040.02120.1472-0.00360.14180.1194-0.0556-0.11960.1458-0.02450.00770.127-0.11550.03110.404-0.23530.23380.01530.16530.0739-30.277953.436629.1816
210.010.0180.02520.18610.11870.0575-0.3063-0.2750.04230.39360.1590.1937-0.1791-0.0593-0.1390.33790.36440.04730.6020.12480.0843-31.772758.8333.441
220.0120.0207-0.02210.03080.03420.18870.1107-0.0519-0.05020.1824-0.13670.00610.17510.16320.06640.0272-0.2446-0.33910.2041-0.604-0.6088-22.657354.778637.6962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:85 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 86:145 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 146:214 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 215:242 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 243:255 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN L AND RESID 3:18 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN L AND RESID 19:38 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN L AND RESID 39:58 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN L AND RESID 59:121 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN L AND RESID 122:153 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN L AND RESID 154:180 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN L AND RESID 181:202 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN L AND RESID 203:215 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN H AND RESID 1:69 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN H AND RESID 70:85 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN H AND RESID 86:99 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN H AND RESID 100:120 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN H AND RESID 121:132 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN H AND RESID 133:154 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN H AND RESID 155:171 )
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN H AND RESID 172:193 )
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN H AND RESID 194:213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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