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万見
- PDB-5bzd: Crystal Structure of PCDN-27A, an antibody from the PCDN family o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bzd
タイトルCrystal Structure of PCDN-27A, an antibody from the PCDN family of HIV-1 antibodies
要素
  • 5G8 HIV Antibody heavy chain
  • 5G8 HIV Antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / Antibody / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Garces, F. / WILSON, I.A.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Early Antibody Lineage Diversification and Independent Limb Maturation Lead to Broad HIV-1 Neutralization Targeting the Env High-Mannose Patch
著者: MacLead, D. / Choi, N.M. / Briney, B. / Garces, F. / Ver, L.S. / Landais, E. / Murrell, B. / Wrin, T. / Kilembe, W. / Liang, C.-H. / Ramos, A. / Bian, C. / Wickramasinghe, L. / Kong, L. / ...著者: MacLead, D. / Choi, N.M. / Briney, B. / Garces, F. / Ver, L.S. / Landais, E. / Murrell, B. / Wrin, T. / Kilembe, W. / Liang, C.-H. / Ramos, A. / Bian, C. / Wickramasinghe, L. / Kong, L. / Eren, K. / Wu, C.-Y. / Wong, C.-H. / The IAVI Protocol C Investigators & The IAVI African HIV Research Network / Pond, S.L.K. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Poignard, P.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5G8 HIV Antibody light chain
B: 5G8 HIV Antibody heavy chain
C: 5G8 HIV Antibody light chain
D: 5G8 HIV Antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5805
ポリマ－96,4884
非ポリマー921
水21612
1
A: 5G8 HIV Antibody light chain
B: 5G8 HIV Antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3363
ポリマ－48,2442
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2
C: 5G8 HIV Antibody light chain
D: 5G8 HIV Antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2442
ポリマ－48,2442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.861, 120.375, 111.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 5G8 HIV Antibody light chain


分子量: 23350.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): Human / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 5G8 HIV Antibody heavy chain


分子量: 24892.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): Human / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol and 0.04 M potassium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 28257 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RRH

1rrh


解像度: 2.7→40.681 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1420 5.04 %
Rwork0.2107 --
obs0.2125 28177 93.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6709 0 6 12 6727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9269375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0112458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.79640.37311330.34632750X-RAY DIFFRACTION94
2.7964-2.90830.37421240.32372687X-RAY DIFFRACTION95
2.9083-3.04060.3641360.3072668X-RAY DIFFRACTION93
3.0406-3.20090.39261430.27932524X-RAY DIFFRACTION89
3.2009-3.40130.29031330.25062759X-RAY DIFFRACTION97
3.4013-3.66380.29731740.23362724X-RAY DIFFRACTION96
3.6638-4.03220.26151230.21352647X-RAY DIFFRACTION92
4.0322-4.6150.19241520.16392635X-RAY DIFFRACTION92
4.615-5.81170.17711380.16362746X-RAY DIFFRACTION96
5.8117-40.6860.20111640.17432617X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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