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- PDB-5bxv: eIF4E complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxv
タイトルeIF4E complex
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
キーワードTRANSLATION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / cellular response to dexamethasone stimulus / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation initiation factor binding / translation repressor activity / translation initiation factor activity / negative regulation of translational initiation / positive regulation of mitotic cell cycle / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sekiyama, N. / Arthanari, H. / Papdopoulos, E. / Rodriguez-Mias, R.A. / Wagner, G. / Leger-Abraham, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA68262 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM047467 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Molecular mechanism of the dual activity of 4EGI-1: Dissociating eIF4G from eIF4E but stabilizing the binding of unphosphorylated 4E-BP1.
著者: Sekiyama, N. / Arthanari, H. / Papadopoulos, E. / Rodriguez-Mias, R.A. / Wagner, G. / Leger-Abraham, M.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Data collection / Other
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32015年8月5日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4206
ポリマ－54,3444
非ポリマー1,0762
水3,927218
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7103
ポリマ－27,1722
非ポリマー5381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7103
ポリマ－27,1722
非ポリマー5381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.607, 67.830, 79.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 22331.279 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 33-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I


分子量: 4840.536 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 50-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4EBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, and 22 % polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月30日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37630 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WKW

1wkw


解像度: 2.1→38.6 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1948 1893 5.03 %Random selection
Rwork0.1617 35727 --
obs0.1634 37620 96.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.49 Å2 / Biso mean: 52.4418 Å2 / Biso min: 20.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 66 218 3770
Biso mean--55.21 45.06 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3034954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0581363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.097-2.14950.26111020.21212345244789
2.1495-2.20760.2071320.19592577270998
2.2076-2.27250.23321520.18122569272198
2.2725-2.34590.22851580.18082570272898
2.3459-2.42970.21641320.18482565269798
2.4297-2.5270.24791340.18462591272598
2.527-2.64190.26231300.1862559268997
2.6419-2.78120.23511480.18012557270597
2.7812-2.95540.21371250.18192546267196
2.9554-3.18350.22621410.16962549269097
3.1835-3.50370.181200.15662550267096
3.5037-4.01020.1741320.14382549268196
4.0102-5.05060.15831630.13022525268896
5.0506-38.62490.17081240.15832675279997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1302-1.1188-1.66021.02810.18422.11490.09380.1401-0.21180.0105-0.23940.112-0.1806-0.37140.02660.25790.01620.01760.3057-0.03250.2962-30.0266-8.7685-4.8117
28.81062.5049-0.41826.79110.3442.2486-0.26971.2087-0.2729-0.5122-0.2759-0.53480.09230.37970.35090.52960.09980.04750.49980.00790.3181-14.2234-14.5976-25.2563
32.42290.6613-0.54352.6263-0.42171.1607-0.0390.16040.0289-0.25360.01650.04170.0125-0.07380.02080.28280.0144-0.02610.28180.00090.2574-21.6037-12.7733-11.5527
43.03740.4426-0.03153.6972-1.0072.34480.17820.07270.35970.2403-0.4916-0.4715-0.06410.52470.10820.2591-0.00670.00830.33760.04480.3426-7.6697-5.7125-9.0727
58.13390.442.29982.96651.98385.91370.24-0.6732-1.38710.35710.2499-0.62921.62880.41810.06690.83230.1842-0.12530.38030.02850.6841-6.0027-26.6077-4.8154
62.50710.453-0.05133.13870.73524.0145-0.0003-0.18370.02910.1852-0.0397-0.1559-0.0923-0.03460.00250.2263-0.0034-0.01160.26230.02570.2525-15.2392-10.0942-2.8986
71.99550.0917-0.01345.06281.37043.85460.08860.04030.33250.2317-0.1753-0.733-0.39820.4203-0.03350.3018-0.039-0.0210.29060.05580.408-8.0483-2.5546-5.4649
82.6586-0.13760.91884.5135-2.79733.53120.0353-0.16020.02590.0712-0.294-0.59780.01380.47480.2890.2917-0.0112-0.05920.35970.04550.4163-4.8208-7.8494-2.9456
96.2987-0.90110.66927.85420.41784.39510.0272-0.6229-0.08641.1282-0.10790.16460.076-0.29710.14640.36760.03970.01530.404-0.00140.2572-25.9606-9.02996.4454
108.766-0.20311.59274.83871.96222.0281-0.2056-1.1294-0.96560.3449-0.7498-0.08510.4922-0.41380.85270.4166-0.07650.09310.53340.05340.5747-33.3536-20.57060.694
117.65343.2542-4.91986.2309-0.08794.28021.06090.37010.7188-0.282-0.3321.2372-0.412-0.994-0.50960.35430.0508-0.06140.46610.03460.5466-33.7204-18.2172-14.361
126.4509-1.0449-0.15035.31410.25917.1655-0.0546-0.06480.0069-0.52030.00050.13950.5738-0.5540.10520.3427-0.0521-0.01260.26610.01660.3647-26.0535-23.8538-16.5426
134.2995-0.73391.38162.7604-0.70811.1684-0.3204-0.03240.60620.10820.0679-0.3121-0.16150.06510.1440.2809-0.00280.01810.2709-0.04860.3037-8.7831-36.9609-11.4418
143.5712-4.53250.39975.8673-0.3072.28620.04750.1927-0.2666-0.5137-0.24052.2142-0.0184-0.780.18520.34480.0476-0.06740.451-0.08520.7731-33.8521-31.9885-19.4109
152.716-0.3030.2182.3193-0.28792.3897-0.0014-0.09560.115-0.03250.00580.1551-0.0346-0.1437-0.00420.2387-0.01310.02020.2818-0.0090.263-19.7071-38.2349-14.6634
164.194-0.8781.53718.5632.2211.37810.07811.05670.5675-1.30480.43630.0679-1.5880.7911-0.42150.741-0.00150.04750.56910.12650.3329-16.3068-31.4297-32.8924
173.5196-0.32760.19124.2488-0.29485.459-0.03020.2729-1.0019-0.26680.0040.7580.7604-0.5954-0.13010.4251-0.052-0.09040.4466-0.02230.5609-26.4354-51.7932-23.6784
184.1095-0.15610.95753.53580.08144.1540.18190.3603-0.2233-0.2671-0.07370.03220.20680.1228-0.07290.3330.0128-0.02360.2864-0.0380.2609-17.0524-45.2923-23.2995
193.73031.6177-1.97733.32360.1083.58540.10540.7594-0.4139-0.8220.2747-0.51640.52190.4172-0.30220.46220.0807-0.0110.5318-0.11660.3544-11.7328-50.0838-31.4928
203.16680.4751-0.39441.97991.86242.10320.35990.6842-0.3414-0.3338-0.13130.19020.1119-0.2041-0.25420.61970.0809-0.08790.6365-0.10680.3405-22.3145-46.8007-36.149
216.26372.4766-1.8986.3208-0.35136.52550.1687-0.0929-0.2596-0.12140.0134-0.06160.45570.2629-0.20920.27160.0459-0.04230.31080.01710.4102-4.5436-48.4847-13.3022
222.1395-2.35271.63439.1296-0.22511.8938-0.22870.4127-0.0264-0.81280.1573-0.11041.5759-0.12550.16060.57950.040.02380.56780.04760.3367-8.2666-45.0236-0.7093
233.5133-4.44943.50035.8297-4.75613.9848-0.1634-0.39310.67480.9636-0.2351-0.8248-0.76820.9665-0.00710.5580.044-0.04890.6201-0.07710.4905-14.8795-35.945-0.6262
248.24215.49931.93046.21352.65212.74010.9801-1.17030.64060.8862-0.84510.35880.0693-0.2015-0.00980.4198-0.06860.12310.4476-0.01960.4355-25.951-35.891-4.622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 33:47)A33 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 48:60)A48 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 61:105)A61 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 106:118)A106 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 119:123)A119 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 124:158)A124 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 159:179)A159 - 179
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 180:206)A180 - 206
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 50:62)B50 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 63:69)B63 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 70:77)B70 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 78:84)B78 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 33:47)C33 - 47
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 48:59)C48 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 60:104)C60 - 104
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 105:110)C105 - 110
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 111:123)C111 - 123
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 124:170)C124 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 171:190)C171 - 190
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 191:217)C191 - 217
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 51:63)D51 - 63
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 64:68)D64 - 68
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 69:74)D69 - 74
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 75:83)D75 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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