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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bv0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Complex Between the SNARE Nyv1 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex from Chaetomium thermophilum | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane trafficking / SM protein / HOPS complex / thermophile / SNARE domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CORVET complex / HOPS complex / vacuole fusion, non-autophagic / fungal-type vacuole / endosomal transport / ligase activity / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / actin binding / membrane => GO:0016020 / endosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: A direct role for the Sec1/Munc18-family protein Vps33 as a template for SNARE assembly. 著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Zick, M. / Phillips, B.P. / Wickner, W.T. / Hughson, F.M. #1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16* 著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bv0.cif.gz | 354 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bv0.ent.gz | 288.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bv0_validation.pdf.gz | 455.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bv0_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bv0_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bv0_validation.cif.gz | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | authors have used gel filtration to support the active biological unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73990.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SCM5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26005.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: VPS16 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S6M7*PLUS |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4830.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0032860 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S5G3 |
配列の詳細 | THE SAMPLE SEQEUNCE CORRESPONDING TO CHAIN C IS THE FOLLOWING: ...THE SAMPLE SEQEUNCE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: TRIS-HCl buffer, 0.8M Na Tartrate, 0.5% w/v PEG 5000 monomethyl ether |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 38474 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.982 / Net I/av σ(I): 23.84 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 276083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KMO 解像度: 3.1→49.466 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 347.38 Å2 / Biso mean: 116.1143 Å2 / Biso min: 32.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→49.466 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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