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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bq3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a sugar ABC transporter (ACTODO_00688) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.60 A resolution | ||||||
![]() | Rhamnose ABC transporter, rhamnose-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a sugar ABC transporter (ACTODO_00688) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.60 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 469.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 392 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34803.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rhaS, ACTODO_00688 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (22-352) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (22-352) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月16日 詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.6→19.936 Å / Num. obs: 40255 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.553 % / Biso Wilson estimate: 67.351 Å2 / Rmerge F obs: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.47 / Num. measured all: 117477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE ...詳細: 1. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED DURING REFINEMENT USING LSSR (-AUTONCS) IN BUSTER. 6. DENSITY FOR CHAIN D IS POORER THAN THE OTHER THREE CHAINS.
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原子変位パラメータ | Biso max: 219.42 Å2 / Biso mean: 70.7567 Å2 / Biso min: 21.08 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.425 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.936 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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