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万見
- PDB-2rbi: STRUCTURE OF BINASE MUTANT HIS 101 ASN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rbi
タイトルSTRUCTURE OF BINASE MUTANT HIS 101 ASN
要素RIBONUCLEASE
キーワードENDORIBONUCLEASE / MICROBIAL EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE / PHOSPHODIESTER TRANSFERASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus intermedius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Offen, W.A. / Okorokov, A.L.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997
タイトル: RNA cleavage without hydrolysis. Splitting the catalytic activities of binase with Asn101 and Thr101 mutations.
著者: Okorokov, A.L. / Panov, K.I. / Offen, W.A. / Mukhortov, V.G. / Antson, A.A. / Karpeisky, M.Y.a. / Wilkinson, A.J. / Dodson, G.G.
履歴
登録1996年11月12日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE
B: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4072
ポリマ－24,4072
非ポリマー00
水4,125229
1
A: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2041
ポリマ－12,2041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIBONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2041
ポリマ－12,2041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.260, 69.150, 33.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE / BINASE / EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE FROM BACILLUS INTERMEDIUS


分子量: 12203.579 Da / 分子数: 2 / 変異: H101N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus intermedius (バクテリア)
株: 7P
解説: BINASE GENE CO-EXPRESSED AS FUSION PROTEIN WITH ALKALINE PHOSPHATASE TO ENABLE EXPORT INTO PERIPLASMIC SPACE
遺伝子: PHOA-BINASE HIS101ASN / プラスミド: PEXBINN101 / 遺伝子 (発現宿主): PHOA-BINASE HIS101ASN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EPICURIAN COLI STRAIN XL-1 BLUE MRF'
参照: UniProt: P00649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH 12MG/ML BINASE HIS101ASN, 40MM GLYCINE PH 7.5, 8.75% POLYETHYL- ENE GLYCOL MR 10,000 AND 2.5% SATURATED SODIUM CITRATE IN THE HANGING DROP, AND 17.5% PEG 10,000, ...詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH 12MG/ML BINASE HIS101ASN, 40MM GLYCINE PH 7.5, 8.75% POLYETHYL- ENE GLYCOL MR 10,000 AND 2.5% SATURATED SODIUM CITRATE IN THE HANGING DROP, AND 17.5% PEG 10,000, 60MM GLYCINE PH 7.5 AND 5% SODIUM CITRATE IN WELL. LEFT FOR 2 DAYS AT 18 DEGREES CENTIGRADE., vapor diffusion, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlbinase H101N1drop
240 mMglycine1drop
317.5 %PEG100001drop
42.5 %satsodium citrate1drop
517.5 %PEG100001reservoir
660 mMglycine1reservoir
75 %sodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 13288 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 51822
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD-TYPE BINASE

解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
obs-13096 97 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 0 229 1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.5994
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.6876
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.1038
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it810
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1550.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1810.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.7035
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.6220
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor14.88130
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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