PDB-5bnm: E. coli FabH with Small Molecule Inhibitor 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bnm

タイトル

E. coli FabH with Small Molecule Inhibitor 1

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / FabH / Fatty Acid Synthesis / Bacterial Enzyme / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kazmirski, S.L. / McKinney, D.C.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping.
著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G.

履歴

登録	2015年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bnm.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bnm.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bnm_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bnm_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	5bnm_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	5bnm_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z8dC 5bnrC 5bnsC 5bqsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nhd-1 2x3e-d 1hnh-1 5bns-d 1hnd-1 1zow-2 1zow-1 2gyo-d 2qx1-d 1ebl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.032, 80.073, 119.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / EcFabH 分子量: 33547.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fabH, b1091, JW1077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-4VK / N-{[3'-(hydroxymethyl)biphenyl-4-yl]methyl}benzenesulfonamide 分子量: 353.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Tris / PH範囲: 7.9-8.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.58 Å / Num. obs: 64742 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.96 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.96 % / R_merge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 62.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
BUSTER	2.11.6	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→29.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9437 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9284 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU R_free Blow DPI: 0.148 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.138

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2692	3265	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2394	-	-	-
obs	0.2409	64181	92.93 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.57 Å² / B_iso mean: 23.23 Å² / B_iso min: 10.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3552 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2483 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1069 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4702	0	43	845	5590
B_iso mean	-	-	41.94	33.85	-
残基数	-	-	-	-	634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1634	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	113	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	737	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4829	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	673	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	6678	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4829	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	6570	HARMONIC	2	1.07
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.47
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.43

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	153	5.02 %
R_work	0.3162	2897	-
all	0.3184	3050	-
obs	-	-	60.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2935	-0.0688	-0.0269	0.1433	-0.0135	0.3576	0.0139	0.017	-0.0079	-0.0106	-0.0116	0.0169	0.0221	0.0039	-0.0022	-0.0125	-0.0048	-0.0019	0.0047	0.0021	-0.0172	25.0676	14.1935	9.8278
2	0.2497	0.0288	0.0078	0.3545	-0.0663	0.7066	-0.0088	-0.0446	0.0123	0.0752	0.0209	0.025	-0.0527	-0.0374	-0.0121	-0.0075	0.0079	0.0079	0.0017	-0.004	-0.0283	17.1515	18.4445	38.1501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|317 }	A	1 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|317 }	B	1 - 317

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)