PDB-5bmf: Crystal Structure of a Theophylline binding antibody Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bmf

タイトル

Crystal Structure of a Theophylline binding antibody Fab fragment

要素

Fab fragment heavy chain
Fab fragment light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / hapten binding / theophylline

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-4TJ

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Bujotzek, A. / Fuchs, A. / Changtao, Q. / Klostermann, S. / Benz, J. / Antes, I. / Dengl, S. / Hoffmann, E. / Georges, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: MoFvAb: Modeling the Fv region of antibodies.
著者: Bujotzek, A. / Fuchs, A. / Qu, C. / Benz, J. / Klostermann, S. / Antes, I. / Georges, G.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bmf.cif.gz	187 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bmf.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bmf_validation.pdf.gz	683.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bmf_full_validation.pdf.gz	685.6 KB	表示
XML形式データ	5bmf_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	5bmf_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6nov-2 6dca-4 6ltg-1 5k8a-3 4qhk-4 1ncw-d 1s3k-d 4jzo-2 1mie-d 5mp5-2 4k23-d 4jzo-1 1fl6-1 4qt5-2 5mp5-1 4jn1-d 6dca-1 3v6f-3 6qn8-3 6nb8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab fragment heavy chain

L: Fab fragment light chain

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.438, 129.438, 92.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: 抗体	Fab fragment heavy chain 分子量: 24148.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab fragment light chain 分子量: 24224.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-4TJ / 2-(5-{1-[1-(1,3-dimethyl-2,6-dioxo-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purin-8-yl)-4,15-dioxo-8,11-dioxa-5,14-diazaicosan-20-yl]-3,3-dimethyl-6-sulfo-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene}penta-1,3-dien-1-yl)-1-ethyl-3,3-dimethyl-3H-indolium-5-sulfonate 分子量: 1035.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₆₆N₈O₁₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 2M Na-Formate, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→112 Å / Num. obs: 22443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / R_sym value: 0.185 / Net I/σ(I): 3.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / R_sym value: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1931	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In house Fab fragment coordinates

解像度: 2.8→71.434 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	1150	5.13 %
R_work	0.1864	-	-
obs	0.1881	22413	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→71.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	27	76	3427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	4690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.003	1240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-2.9275	0.4024	127	0.3155	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9275-3.0819	0.3407	167	0.2991	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0819-3.275	0.3146	175	0.2626	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.275-3.5278	0.2488	134	0.2249	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5278-3.8828	0.2211	146	0.1769	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8828-4.4446	0.1669	130	0.1513	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4446-5.5994	0.1769	126	0.1296	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5994-71.4569	0.1682	145	0.1666	2785	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3938	-0.8619	-0.0582	3.4261	0.1701	3.8929	-0.3104	-0.1086	0.0279	0.2459	0.0503	0.5767	-0.4369	-0.4091	0.1171	0.5307	0.0098	0.0627	0.561	-0.0502	0.5914	50.1909	-7.5818	-7.682
2	3.5104	1.6499	1.4027	3.7148	-2.2496	3.0477	0.148	-0.4602	-0.2164	-0.2162	-0.1267	-0.4286	-0.0762	0.3783	0.0889	0.4818	0.0377	-0.0278	0.3585	-0.0441	0.4344	60.693	-10.7253	-5.2275
3	1.2391	0.5069	0.716	4.246	0.7369	3.4913	0.0575	-0.0443	0.1357	0.4053	0.1028	-0.3296	-0.1909	-0.1439	-0.1347	0.5287	0.0559	-0.0207	0.4299	-0.0502	0.4324	57.2356	-6.2836	-6.3644
4	1.2058	-0.4663	-0.2985	2.2663	0.492	2.1203	-0.3835	0.4047	-0.0649	-0.6312	1.0081	0.7198	0.6012	-1.1813	-0.0563	0.5904	-0.1613	-0.0783	0.4673	0.0027	0.6443	45.3799	-34.8174	-19.1771
5	1.7905	0.2874	-1.1907	4.7802	-1.4712	3.5608	-0.0631	-0.1127	-0.0399	0.0666	0.5132	0.9636	-0.0988	-1.0113	-0.2515	0.4618	-0.0283	0.0008	0.8077	0.1239	0.6512	41.6794	-34.5686	-14.8364
6	3.1775	0.0096	0.4136	0.6168	-0.9991	2.1886	0.0436	-0.1291	0.0124	0.9571	-0.2665	-1.1912	-0.3244	0.3469	0.1769	0.7889	0.0103	-0.2227	0.6413	0.0267	0.74	70.2431	-19.9721	8.7074
7	2.0224	-0.4814	-1.2985	5.861	-1.1768	2.8025	0.0301	-0.3976	-0.1259	1.097	-0.0462	-0.1597	-0.2739	-0.1065	0.0476	0.8048	0.0557	-0.1412	0.5022	-0.0112	0.5117	60.5202	-22.4127	9.7506
8	0.8437	0.7361	0.0927	4.6615	-1.191	1.5159	-0.0389	0.1223	-0.0809	-0.4237	0.1357	-0.1431	0.4396	-0.2179	-0.0076	0.4284	-0.0057	0.0741	0.548	-0.0319	0.4498	55.2409	-39.5985	-10.0315
9	2.1542	-0.4431	-0.3332	4.6134	-1.0745	4.2023	-0.1644	0.3668	-0.2291	-1.1648	0.204	0.1087	0.9529	-0.0306	-0.0119	0.8063	-0.1092	0.0569	0.5469	-0.0316	0.5682	53.1797	-48.8464	-17.0705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 34 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 54 through 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 110 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 138 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 1 through 37 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 38 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 96 through 155 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 156 through 216 )

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新型コロナ情報

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