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万見
- PDB-5bjr: Crystal structure of the N-terminal RRM domain from MEC-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bjr
タイトルCrystal structure of the N-terminal RRM domain from MEC-8
要素Mec-8 protein
キーワードSPLICING / alternative splicing / mRNA / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode larval development / muscle organ morphogenesis / hemidesmosome assembly / mechanosensory behavior / embryo development ending in birth or egg hatching / neuron development / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein couch potato, RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Mec-8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Soufari, H. / Mackereth, C.D.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Conserved binding of GCAC motifs by MEC-8, couch potato, and the RBPMS protein family.
著者: Soufari, H. / Mackereth, C.D.
履歴
登録2016年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mec-8 protein
B: Mec-8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6865
ポリマ－20,6322
非ポリマー543
水66737
1
A: Mec-8 protein
ヘテロ分子

A: Mec-8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7046
ポリマ－20,6322
非ポリマー724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
2
B: Mec-8 protein
ヘテロ分子

B: Mec-8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6684
ポリマ－20,6322
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.590, 96.420, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Mec-8 protein


分子量: 10315.975 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal RRM residues 28-117 / 変異: C54A,C102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mec-8, CELE_F46A9.6, F46A9.6 / プラスミド: pET-His1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): LysY / 参照: UniProt: G5ECJ4
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, PEG 4000 30% w/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35.36 Å / Num. obs: 8842 / % possible obs: 98.93 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08528 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.3439

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MD1

3md1


解像度: 2.6→35.36 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 886 10.02 %
Rwork0.2372 --
obs0.2421 8842 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1328 0 3 37 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5711813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.917525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002237
LS精密化 シェル解像度: 2.6002→2.763 Å /
反射数%反射
Rfree146 -
Rwork1316 -
obs-99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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