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- PDB-5b8i: Crystal structure of Calcineurin A and Calcineurin B in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b8i
タイトルCrystal structure of Calcineurin A and Calcineurin B in complex with FKBP12 and FK506 from Coccidioides immitis RS
要素
  • Calcineurin subunit B, variant
  • Peptidylprolyl isomerase
  • Serine/threonine-protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / BERYLLIUM / PHOSPHATASE / CALCINEURIN / FKBP12 / FK506 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome ...calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / calcineurin-mediated signaling / fungal-type cell wall organization / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / calcium ion binding / nucleolus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Sas10 C-terminal domain / Sas10 C-terminal domain / Sas10/Utp3/C1D / Sas10/Utp3/C1D family / EF hand / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Sas10 C-terminal domain / Sas10 C-terminal domain / Sas10/Utp3/C1D / Sas10/Utp3/C1D family / EF hand / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Chitinase A; domain 3 / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / EF-hand / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain pair / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Calcineurin subunit B / peptidylprolyl isomerase / Serine/threonine-protein phosphatase / Sas10/Utp3 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents.
著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox 3rd, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M.C. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y.L. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Harnessing calcineurin-FK506-FKBP12 crystal structures from invasive fungal pathogens to develop antifungal agents
著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / ...著者: Juvvadi, P.R. / Fox III, D. / Bobay, B.G. / Hoy, M.J. / Gobeil, S.M. / Venters, R.A. / Chang, Z. / Lin, J.J. / Averette, A.F. / Cole, D.C. / Barrington, B.C. / Wheaton, J.D. / Ciofani, M. / Trzoss, M. / Li, X. / Lee, S.C. / Chen, Y. / Mutz, M. / Spicer, L.D. / Schumacher, M.A. / Heitman, J. / Steinbach, W.J.
履歴
登録2015年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Data collection
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42019年9月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / entity / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.52019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase
B: Calcineurin subunit B, variant
C: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,21723
ポリマ－79,0593
非ポリマー2,15920
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.670, 154.630, 64.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Size exclusion chromatography indicates trimer

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 45097.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides immitis (strain RS) (菌類)
株: RS / 遺伝子: CIMG_06667 / プラスミド: pEMB36 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: J3K9C5, UniProt: J3K8M7*PLUS
#2: タンパク質 Calcineurin subunit B, variant


分子量: 19502.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides immitis (strain RS) (菌類)
株: RS / 遺伝子: CIMG_02704 / プラスミド: pEMB36 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0D8JSK0
#3: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase


分子量: 14458.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides immitis (strain RS) (菌類)
株: RS / 遺伝子: CIMG_08666 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: J3K5Z5, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 7種, 707分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: COCCIDIOIDES IMMITIS, COMPLEX NAMED COIMA.00174.A.GM11, AND COMPOSED OF CALCINEURIN A (COIMA.00174.A.GM11), CALCINEURIN B (COIMA.01011.A.GJ11), AND FKBP12 (COIMA.18272.A.GK11) PURIFIED IN THE ...詳細: COCCIDIOIDES IMMITIS, COMPLEX NAMED COIMA.00174.A.GM11, AND COMPOSED OF CALCINEURIN A (COIMA.00174.A.GM11), CALCINEURIN B (COIMA.01011.A.GJ11), AND FKBP12 (COIMA.18272.A.GK11) PURIFIED IN THE PRESENCE OF FK506/ TACROLIMUS (PROTEIN BATCH #D00367) AT 10.81 MG/ML. PROTEIN BUFFER INCLUDES 25MM HEPES PH 8.0, 50 MM NACL, 5.0MM CACL2, 0.5MM TCEP, AND 5UM FK506. THE PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AGAINST THE SPARSE MATRIX SCREEN PROPLEX V/V PROPANOL-1 AND CRYO-PROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL; CRYSTAL TRACKING ID 261098D2 (HLC3-10), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 81827 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.39 % / Biso Wilson estimate: 26.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1932)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCO

1tco


解像度: 1.85→45.27 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 15.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 4019 4.91 %
Rwork0.145 --
obs0.147 81815 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 126 687 5974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.025516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6417476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5612076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009966
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.8718 Å / Phase error: 16.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 133 -
Rwork0.1704 2644 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67330.1122-0.80041.60230.36031.9429-0.04710.21650.0564-0.26170.14380.2309-0.0174-0.3655-0.09530.1002-0.0116-0.0360.20820.01820.188413.104637.789118.4316
20.8222-0.30930.16191.5888-0.181.41030.0159-0.0401-0.0156-0.0083-0.0270.06310.0657-0.04390.01530.0334-0.01260.00150.1008-0.00520.102128.013129.455925.3026
30.9116-0.47240.19421.9711-0.51331.6789-0.0002-0.05920.0771-0.04650.0158-0.0142-0.056-0.0033-0.01310.04620.01040.00740.0982-0.02380.080729.723737.334425.0956
41.8464-2.95350.5398.6302-0.75751.2333-0.0595-0.13540.02580.14560.1053-0.0020.0367-0.0258-0.03810.0197-0.01820.00430.1259-0.00770.071734.817631.495331.3823
51.8892-0.36550.2971.73350.18691.40890.0138-0.0528-0.0285-0.0318-0.0475-0.35640.07990.3201-0.02980.07940.0224-0.01020.1940.01760.205751.122427.617329.885
62.8944-0.43880.58151.7445-0.09192.22290.05350.1548-0.1325-0.2526-0.0401-0.21370.23920.2050.03820.13780.02120.03330.1327-0.03730.162642.406420.258518.071
70.7965-0.43690.20592.2351-1.06631.06490.07130.11820.1646-0.3059-0.0776-0.00250.0531-0.00020.01190.12330.02670.00570.12880.0070.098929.528845.85234.1597
84.1869-2.42632.98571.9931-2.97354.8168-0.0876-0.0952-0.20320.46820.1843-0.0647-0.1004-0.1556-0.09550.4697-0.0403-0.03390.16250.01870.249415.556786.3141-8.2338
92.11260.98531.60627.59836.68328.317-0.05340.1770.18260.0071-0.058-0.5089-0.55810.65190.12160.3543-0.0428-0.09590.21230.10120.307623.37183.5998-15.1852
106.3678-4.27342.36225.3639-2.03614.95430.10050.1682-0.2912-0.6819-0.2777-0.08860.60440.13010.21250.36280.0135-0.02260.14130.0210.209717.921772.1601-22.6482
112.9290.17260.70561.3675-1.56596.77460.22690.64460.3101-0.3157-0.4012-0.6455-0.14750.3860.16590.44260.13450.07990.32030.14090.362427.214863.3427-16.4468
128.6341-3.37893.91293.9309-5.3397.5151-0.0227-0.09330.25510.0331-0.1233-0.16730.33-0.20080.12840.2546-0.0278-0.0490.1273-0.01120.211814.913168.5004-12.0905
132.94380.40642.32612.10761.02118.5876-0.2201-0.13350.10420.5402-0.08-0.2047-0.41230.35060.29260.33850.0044-0.08340.16190.03180.251220.379977.8992-5.4357
143.81312.53181.10168.20271.98332.4502-0.1338-0.07370.20960.29760.02680.1864-0.5618-0.05610.11170.29320.0709-0.03990.190.07990.20918.920868.112.1112
152.8754-1.27820.41152.3121-0.80882.6840.2170.214-0.1033-0.57120.02220.4920.2104-0.4323-0.1850.26620.0311-0.1090.19250.05350.275716.817355.5117-3.5001
165.1510.7083-0.60015.72962.09847.4350.00040.0505-0.2016-0.34150.1330.44540.3725-0.4136-0.09150.19030.0029-0.06390.11850.05850.172120.707346.33023.8508
173.79283.4991-2.36364.0471-0.9193.81240.0933-0.5991-0.33630.57530.13320.624-0.3809-0.4949-0.19330.28130.09220.03120.30090.08690.325214.004159.743310.2529
181.7256-0.68170.65595.3429-5.15625.03380.05290.18680.61860.6202-0.4337-0.485-0.31041.10710.37430.4806-0.0455-0.13370.4130.03390.41528.344768.59114.9929
191.74340.0685-0.88360.03420.09230.9585-0.1185-0.2201-0.09050.0160.0525-0.07650.16090.1873-0.10860.38580.13710.27590.60940.19640.551254.134249.1223-3.2525
200.0348-0.04030.04270.0439-0.05660.0674-0.1107-0.0493-0.163-0.1275-0.0288-0.11220.15510.1929-0.0890.84950.09240.46470.37240.08380.391448.453748.0655-16.4963
213.01510.9252-0.38493.53881.16085.8572-0.2-0.196-0.1624-0.6404-0.157-0.41990.53180.54530.34340.37140.13550.16340.320.10780.290641.626946.706-2.3309
223.87761.55741.91164.33630.7692.7912-0.0381-0.4089-0.10750.1775-0.1251-0.91090.35410.62610.07240.3070.1026-0.01820.84890.19680.531350.837647.686510.9778
233.98532.09360.16814.58863.4555.3294-0.1996-0.3817-0.4447-0.2197-0.0511-0.35160.82750.17080.18130.37360.12570.09510.24820.05580.238836.466443.95280.1166
241.9044-0.7277-0.82540.73591.45173.4026-0.0308-0.11280.1482-0.4336-0.1185-0.497-0.10650.6353-0.11580.3330.0410.14890.26910.07210.32243.881555.3773-3.2776
251.6035-0.9627-0.91033.75534.67886.6363-0.3071-0.1299-0.1276-0.4398-0.0611-0.19260.34730.67130.19240.44910.03750.150.30320.0740.296243.792448.1868-4.3773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 75 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 143 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 189 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 216 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 217 through 290 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 291 through 343 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 344 through 388 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 16 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 30 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 44 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 45 through 54 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 55 through 71 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 87 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 88 through 99 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 100 through 123 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 124 through 140 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 141 through 157 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 158 through 168 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 11 through 18 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 19 through 30 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 31 through 40 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 41 through 54 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 55 through 64 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 65 through 109 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 110 through 130 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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