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- PDB-5b8a: Crystal structure of oxidized chimeric EcAhpC1-186-YFSKHN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b8a
タイトルCrystal structure of oxidized chimeric EcAhpC1-186-YFSKHN
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alkylhydroperoxide reductase / AhpC / Peroxiredoxins / chimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkyl hydroperoxide / respiratory burst involved in inflammatory response / alkyl hydroperoxide reductase complex / hydroperoxide reductase activity / NADH-dependent peroxiredoxin / cellular response to sulfate starvation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / siderophore biosynthetic process ...response to alkyl hydroperoxide / respiratory burst involved in inflammatory response / alkyl hydroperoxide reductase complex / hydroperoxide reductase activity / NADH-dependent peroxiredoxin / cellular response to sulfate starvation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / siderophore biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / response to hydroperoxide / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species / T cell homeostasis / antioxidant activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of blood coagulation / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C / Peroxiredoxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kamariah, N. / Sek, M.F. / Eisenhaber, B. / Eisenhaber, F. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
著者: Kamariah, N. / Sek, M.F. / Eisenhaber, B. / Eisenhaber, F. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: Acta Cryst D / 年: 2014
タイトル: The ups and downs in AhpF: Structure, mechanism and ensemble formation of the Alkylhydroperoxide Reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,75755
ポリマ－214,52110
非ポリマー4,23645
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.470, 134.730, 107.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 1 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.421751, 0.541318, -0.727393), (0.534886, -0.499236, -0.68166), (-0.732136, -0.676564, -0.07899)186.79482, 88.29017, 213.0426
3given(0.48849, 0.021188, -0.872312), (-0.538645, 0.793811, -0.282357), (0.686468, 0.607795, 0.399182)150.64476, 82.42406, 7.48214
4given(-0.998757, -0.049633, 0.004674), (0.039127, -0.83852, -0.543464), (0.030893, -0.542605, 0.83942)155.67094, 120.33825, 36.36713
5given(-0.430649, -0.589271, -0.683594), (-0.87047, 0.471249, 0.142152), (0.238377, 0.656265, -0.715886)215.4772, 63.11684, 179.11661
6given(0.477264, 0.829378, -0.290433), (0.834561, -0.531286, -0.145751), (-0.275185, -0.172822, -0.94573)53.32016, -1.28368, 275.55429
7given(0.448793, -0.524382, 0.723608), (0.053946, 0.824155, 0.563789), (-0.892006, -0.213989, 0.398163)-35.02823, -73.63452, 150.63855
8given(0.480028, 0.522892, 0.704385), (0.506515, -0.820783, 0.264116), (0.716251, 0.229998, -0.658851)-66.33418, -20.23339, 151.52393
9given(-0.501562, -0.820465, 0.274359), (-0.531671, 0.542506, 0.650395), (-0.682467, 0.180345, -0.708318)106.17801, -29.51657, 268.59351
10given(-0.498175, 0.007335, 0.867046), (0.021792, -0.999542, 0.020977), (0.866803, 0.029344, 0.497787)3.95516, 55.07439, -5.46041

-
要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2 / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / SCRP-23 / Sulfate starvation-induced ...Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / SCRP-23 / Sulfate starvation-induced protein 8 / SSI8 / Thioredoxin peroxidase / Natural killer cell-enhancing factor B / NKEF-B / PRP / Thiol-specific antioxidant protein / TSA / Thioredoxin peroxidase 1 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 1


分子量: 21452.109 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP RESIDUES 1-186,UNP RESIDUES 193-198 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of E.coli AhpC (residues 1-186) and human Prx2 (residues 193-198)
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: ahpC, b0605, JW0598, PRDX2, NKEFB, TDPX1 / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE08, UniProt: P32119, peroxiredoxin
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.5, 5% Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50.01 Å / Num. obs: 69616 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.9 % / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O5R

4o5r


解像度: 2.7→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 32.309 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.75 / ESU R Free: 0.367 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28963 3356 4.8 %RANDOM
Rwork0.24415 ---
obs0.24634 66235 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.408 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å2-0 Å2-1.75 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13164 0 247 320 13731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01913686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9941.94918516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.829329184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.40351659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44424.586652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86152235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.831560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.22043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02115313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0821.6936666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0821.6936665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.1542.548315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.1542.548316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.091.7857020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.091.7857020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.1142.66510202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.63113.41114671
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.63113.41114671
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2469 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.570.5
Bmedium positional0.510.5
Cmedium positional0.530.5
Dmedium positional0.650.5
Emedium positional0.580.5
Fmedium positional0.550.5
Gmedium positional0.460.5
Hmedium positional0.470.5
Imedium positional0.620.5
Jmedium positional0.580.5
Amedium thermal0.592
Bmedium thermal0.662
Cmedium thermal0.632
Dmedium thermal0.692
Emedium thermal0.572
Fmedium thermal0.632
Gmedium thermal0.472
Hmedium thermal0.982
Imedium thermal0.482
Jmedium thermal0.472
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 243 -
Rwork0.344 4911 -
obs--97.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4345-0.11531.49641.1764-0.39252.2602-0.05920.21710.0327-0.1165-0.03980.0536-0.14850.06120.0990.14570.03320.00820.0879-0.04360.1224103.152857.1593108.6534
23.4919-0.18230.27581.7544-0.16862.0611-0.05720.07520.08540.01720.1101-0.12290.05020.0484-0.05290.114-0.00280.03090.0158-0.01780.038494.86240.805490.1493
33.40240.652-0.27961.5192-0.98461.6457-0.02030.26990.0721-0.09580.05420.24520.0381-0.2504-0.03390.148-0.01620.02280.11240.02980.160160.599240.803888.7874
42.62990.859-0.94021.8768-0.05993.0402-0.08650.3799-0.0691-0.31670.0001-0.00490.0133-0.10230.08640.1425-0.00140.02960.07520.01580.125151.673416.004495.4174
51.1907-0.342-0.21121.82230.49062.958-0.0587-0.02180.03640.05150.04370.09010.0303-0.10680.0150.0440.00960.03730.00860.01360.072236.741417.2509125.7227
61.27-0.5413-0.01561.9413-0.83122.4563-0.0202-0.0655-0.06150.1164-0.06970.0050.02750.0750.08990.0638-0.00710.04120.0215-0.02430.0968118.527739.2899134.3734
71.40020.9096-0.57912.1355-0.95492.04950.0766-0.07040.028-0.0155-0.1009-0.113-0.07570.11240.02420.06420.00470.03070.0183-0.01930.0971107.244545.0108156.4302
81.98881.5881-0.12322.8738-0.50881.03210.0619-0.2299-0.01760.187-0.1169-0.0338-0.0418-0.0280.0550.1280.02810.03210.0452-0.00680.090388.132114.2297168.3813
92.47590.72220.5591.91960.43472.1377-0.0012-0.16820.10510.01370.0219-0.04440.0057-0.0609-0.02070.09480.02940.00530.0237-0.00750.0963.856920.291168.4199
101.16950.15080.76671.2720.61533.08440.06880.0109-0.0857-0.0902-0.06480.07180.171-0.1612-0.0040.09290.01330.0120.0190.0150.111849.07851.8795142.4152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 165
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 171
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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