PDB-5b6a: Structure of Pyridoxal Kinasefrom Pseudomonas Aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b6a

タイトル

Structure of Pyridoxal Kinasefrom Pseudomonas Aeruginosa

要素

Pyridoxal kinase PdxY

キーワード

TRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa / PdxK / Pyridoxal kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, M.I. / Hong, M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of pyridoxal kinase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Kim, M.I. / Hong, M.

履歴

登録	2016年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b6a.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b6a.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b6a_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b6a_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	5b6a_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5b6a_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pzsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5trw-1 3pzs-d 4s1m-d 3h74-2 1lt8-d 6tak-d 1gsj-1 4c5m-1 1t96-d 1vi9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

A: Pyridoxal kinase PdxY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.547, 102.547, 61.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Pyridoxal kinase PdxY / PL kinase 分子量: 31316.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pdxY, PA5516 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HT57, pyridoxal kinase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, pH 8.5, 1M lithium chloride, 13% (w/v) polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LIQUID NITROGEN STREAM

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24013 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/av σ(I): 25.588 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	5.1	0.392	1	97.5
2.03-2.07	5.9	0.351	1	98
2.07-2.11	6.1	0.29	1	97.2
2.11-2.15	6.1	0.239	1	98.3
2.15-2.2	6.1	0.214	1	96.6
2.2-2.25	6.1	0.185	1	98.2
2.25-2.31	6.1	0.151	1	97.5
2.31-2.37	6.1	0.139	1	96.3
2.37-2.44	6.2	0.119	1	97.5
2.44-2.52	6.1	0.11	1	96.9
2.52-2.61	6.2	0.097	1	96.7
2.61-2.71	6.2	0.092	1	96.2
2.71-2.84	6.2	0.085	1	96
2.84-2.99	6.2	0.08	1	95.6
2.99-3.17	6.2	0.074	1	95.3
3.17-3.42	6.2	0.071	1	93.8
3.42-3.76	6.1	0.068	1	91.8
3.76-4.31	6	0.066	1	88.2
4.31-5.43	5.8	0.065	1	86.6
5.43-50	5.3	0.069	1	72.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PZS

3pzs

解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.454 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.148
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	1238	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1948	-	-	-
obs	0.1964	22725	94.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.65 Å² / B_iso mean: 47.804 Å² / B_iso min: 16.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.59 Å²	-0.79 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2191	0	14	75	2280
B_iso mean	-	-	49.68	46.13	-
残基数	-	-	-	-	288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.97	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.105	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.295	23.627	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.297	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.508	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.212	2.987	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.021	4.468	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.473	3.198	1105

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	96	-
R_work	0.269	1693	-
all	-	1789	-
obs	-	-	96.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2275	-0.6023	-0.7025	0.8459	-0.1895	1.8	-0.093	0.0325	0.094	0.1705	0.0985	-0.1753	0.0092	0.184	-0.0056	0.0784	0.0196	0.0188	0.0753	-0.0493	0.1202	-13.803	-35.94	0.895
2	3.6103	-1.0754	0.5356	2.6139	-0.3136	1.6536	0.0951	0.5705	-0.1492	-0.0915	-0.1138	-0.0008	-0.0371	-0.0288	0.0186	0.0247	0	0.0224	0.2144	-0.0601	0.0465	-14.922	-40.833	-13.934
3	3.962	-0.5357	0.0238	2.0857	0.2127	0.7242	0.0187	0.0561	0.2324	0.1302	-0.0062	-0.2454	0.0285	0.2733	-0.0126	0.0281	-0.0052	0.0191	0.2264	-0.061	0.1114	6.567	-43.374	-6.319
4	2.8669	-0.6839	-0.8548	1.9891	-0.3001	2.2318	-0.0313	-0.1457	0.5935	0.1612	0.1156	-0.6148	-0.2039	0.4136	-0.0843	0.0638	-0.0629	-0.0235	0.1884	-0.1005	0.3674	0.912	-27.755	0.945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	57 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	143 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	214 - 288

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関連情報:EMDBヘッダ

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