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- PDB-5b22: Dimer structure of murine Nectin-3 D1D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b22
タイトルDimer structure of murine Nectin-3 D1D2
要素Nectin-3
キーワードCELL ADHESION / cell-adhesion / immuboglobulin-like domain / adherens janction
機能・相同性
機能・相同性情報


Nectin/Necl trans heterodimerization / retina morphogenesis in camera-type eye / establishment of protein localization to plasma membrane / cell adhesion mediator activity / protein localization to cell junction / Adherens junctions interactions / lens morphogenesis in camera-type eye / cochlea morphogenesis / cell-cell contact zone / fertilization ...Nectin/Necl trans heterodimerization / retina morphogenesis in camera-type eye / establishment of protein localization to plasma membrane / cell adhesion mediator activity / protein localization to cell junction / Adherens junctions interactions / lens morphogenesis in camera-type eye / cochlea morphogenesis / cell-cell contact zone / fertilization / heterophilic cell-cell adhesion / apical junction complex / homophilic cell-cell adhesion / regulation of postsynapse assembly / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / cell-cell junction / cell adhesion / axon / dendrite / symbiont entry into host cell / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-3 / Nectin-4 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Nectin-3 / Nectin-4 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Takebe, K. / Sangawa, T. / Katsutani, T. / Narita, H. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimer structure of murine Nectin-3 D1D2
著者: Sangawa, T. / Takebe, K. / Katsutani, T. / Narita, H. / Suzuki, M.
履歴
登録2015年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nectin-3
B: Nectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4284
ポリマ－46,2542
非ポリマー1,1732
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area22330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)151.650, 72.880, 81.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nectin-3 / Nectin cell adhesion molecule 3 / Poliovirus receptor-related protein 3


分子量: 23127.213 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 59-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nectin3, Pvrl3 / プラスミド: pFastBac-1 / 細胞株 (発現宿主): Sf-9 / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JLB9
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG 3350, 100mM Imidazole pH7.0, 100mM Ammmonium citrate tribasic
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 25302 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル最高解像度: 2.58 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FOM

4fom


解像度: 2.58→29.77 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 1277 5.05 %
Rwork0.2291 --
obs0.2321 25289 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3232 0 78 183 3493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2684681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5561251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5801-2.68340.33431480.27292643X-RAY DIFFRACTION100
2.6834-2.80540.30581320.2592656X-RAY DIFFRACTION99
2.8054-2.95320.31021490.2612620X-RAY DIFFRACTION99
2.9532-3.1380.32541400.25842679X-RAY DIFFRACTION100
3.138-3.380.30711350.24692655X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.71960.30481590.23012654X-RAY DIFFRACTION100
3.7196-4.25650.27921430.21292656X-RAY DIFFRACTION99
4.2565-5.35760.241380.19412695X-RAY DIFFRACTION100
5.3576-29.77210.2751330.22382754X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.083 Å / Origin y: 0.381 Å / Origin z: 18.7608 Å
111213212223313233
T0.0724 Å2-0.0112 Å2-0.0062 Å2-0.0958 Å2-0.0228 Å2--0.0832 Å2
L0.0108 °20.0191 °2-0.0627 °2-0.0329 °2-0.0424 °2---0.0139 °2
S-0.1006 Å °0.1412 Å °-0.0211 Å °0.0959 Å °0.0534 Å °-0.0529 Å °-0.0568 Å °-0.0149 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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