PDB-5ays: Crystal structure of SAUGI/HSV UDG complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ays

タイトル

Crystal structure of SAUGI/HSV UDG complex

要素

Uncharacterized protein
Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / DNA mimic protein / DNA mimicking / uracil-DNA glycosylase inhibitor / uracil-DNA glycosylase / Herpes simplex virus

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Wang, H.C. / Ko, T.P. / Huang, M.F. / Wang, A.H.J.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Using structural-based protein engineering to modulate the differential inhibition effects of SAUGI on human and HSV uracil DNA glycosylase.
著者: Wang, H.C. / Ho, C.H. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, M.F. / Hsu, K.C. / Wang, A.H.

履歴

登録	2015年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ays.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ays.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ays.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ays_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ays_full_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示
XML形式データ	5ays_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	5ays_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ays ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ays	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ayrC 1lauS 3wdgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cx9-2 6e2s-d 5npq-1 3l1s-1 6jsg-d 1i09-1 2r10-1 5b3x-d 2r0v-1 3rom-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

C: Uncharacterized protein

B: Uracil-DNA glycosylase

D: Uncharacterized protein

84.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uracil-DNA glycosylase

C: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uracil-DNA glycosylase

D: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.298, 63.010, 65.512
Angle α, β, γ (deg.)	65.10, 89.58, 88.38
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	C
2	3	D
1	4	C
2	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	10 - 52
2	1	1	1	B	10 - 52
1	2	1	1	A	54 - 59
2	2	1	1	B	54 - 59
1	3	1	1	A	61 - 86
2	3	1	1	B	61 - 86
1	4	1	1	A	88 - 153
2	4	1	1	B	88 - 153
1	5	1	1	A	155 - 250
2	5	1	1	B	155 - 250
1	1	2	5	A	50 - 90
2	1	2	5	B	50 - 90
1	2	2	5	A	150 - 160
2	2	2	5	B	150 - 160
1	1	3	5	C	10 - 40
2	1	3	5	D	10 - 40
1	1	4	1	C	1 - 18
2	1	4	1	D	1 - 18
1	2	4	1	C	20 - 29
2	2	4	1	D	20 - 29
1	3	4	1	C	31 - 110
2	3	4	1	D	31 - 110

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG / UNG 分子量: 28922.137 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 91-334 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (strain 17) (ヘルペスウイルス) 株: 17 / 遺伝子: UL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10186, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質	Uncharacterized protein / SAUGI 分子量: 13367.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q936H5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→20 Å / Num. obs: 41236 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
Blu-Ice		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAU, 3WDG

1lau

3wdg

解像度: 2.09→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 4.807 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22253	2191	5 %	RANDOM
R_work	0.19486	-	-	-
obs	0.19629	41236	94.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0.1 Å²	0.22 Å²
2-	-	3.66 Å²	-1.3 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5520	0	0	712	6232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.953	7748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.619	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.726	22.701	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.098	15	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.21	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.976	1.5	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.314	2.5	5536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.737	2.5	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.766	3.5	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1798	tight positional	0.09	0.05
1	1	B	1798	tight thermal	2.35	50
2	2	A	208	medium positional	0.12	0.5
2	2	B	215	loose positional	0.38	5
2	2	A	208	medium thermal	1.87
2	2	B	215	loose thermal	4
3	1	C	124	medium positional	0.06	0.5
3	1	D	139	loose positional	0.29	5
3	1	C	124	medium thermal	2.15
3	1	D	139	loose thermal	3
4	2	C	907	tight positional	0.06	0.05
4	2	D	907	tight thermal	2.22	50

LS精密化シェル

解像度: 2.086→2.14 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	117	-
R_work	0.265	2632	-
obs	-	-	80.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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