PDB-5ayj: Hyperthermostable mutant of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase - R298C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayj

タイトル

Hyperthermostable mutant of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase - R298C

要素

Uric acid degradation bifunctional protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Disulfide bond / Thermostability / Protein engineering / Oxidase / Subunit-subunit interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. TB-90 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Nishiya, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity
著者: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2015年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	3wlvS 1j2g S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wlv-d 7cmq-1 7cuf-1 5z27-1 5y52-d 5yj2-d 7cuc-1 5y2p-1 1j2g-d 5z2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Uric acid degradation bifunctional protein

B: Uric acid degradation bifunctional protein

C: Uric acid degradation bifunctional protein

D: Uric acid degradation bifunctional protein

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.861, 142.581, 70.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-512- HOH

#1: タンパク質	Uric acid degradation bifunctional protein / Urate oxidase 分子量: 37855.594 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 172-502 / 変異: R298C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. TB-90 (バクテリア) / 株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-MUA / 9-METHYL URIC ACID / 9-メチル尿酸分子量: 182.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16% (w/v) polyethylene glycol 8000, 100mM Tris-HCl pH 8.0, 0.08M Li2SO4, 1mM 9-methyluric acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 83842 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WLV

3wlv

解像度: 2.05→32.269 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2211	4245	5.07 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.172	83730	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.269 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9297	0	125	429	9851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	13070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.176	3375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1642

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.3035	137	0.2469	2275	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0733-2.0976	0.2753	151	0.2128	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0976-2.1232	0.2601	135	0.1975	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1232-2.1501	0.2448	137	0.1886	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1501-2.1784	0.2342	131	0.1822	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1784-2.2082	0.2702	131	0.1729	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2082-2.2397	0.2469	152	0.1862	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2397-2.2732	0.2198	137	0.2078	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2732-2.3087	0.2536	120	0.1725	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3087-2.3465	0.2207	135	0.1638	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3465-2.387	0.2128	127	0.1567	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.4304	0.2095	155	0.159	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4304-2.4771	0.2177	159	0.1647	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4771-2.5276	0.2362	140	0.1645	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5276-2.5826	0.218	166	0.16	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5826-2.6426	0.2078	118	0.1635	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6426-2.7087	0.2252	147	0.155	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7087-2.7819	0.2248	169	0.1568	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7819-2.8637	0.2217	146	0.1575	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8637-2.9561	0.2188	129	0.156	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9561-3.0616	0.1777	134	0.1498	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0616-3.1841	0.2045	161	0.1715	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1841-3.3289	0.2192	135	0.1652	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3289-3.5042	0.2281	140	0.1647	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5042-3.7234	0.2007	148	0.1576	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7234-4.0104	0.2277	136	0.1609	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0104-4.4131	0.194	124	0.1485	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4131-5.0496	0.165	128	0.1499	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0496-6.354	0.2718	142	0.1994	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
6.354-32.2733	0.2363	175	0.2041	2803	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9031	0.1174	0.2545	0.2128	-0.1951	0.7193	-0.0297	0.0572	-0.2886	-0.1106	-0.0335	-0.1261	0.2533	-0.1729	0.0898	0.241	-0.041	0.0391	0.1961	-0.0142	0.278	-16.4658	20.3532	79.0076
2	0.5173	0.4027	-0.1383	3.4271	-0.4794	1.0709	-0.0621	0.1087	-0.031	-0.2189	0.0849	0.227	0.1355	-0.1051	-0.0173	0.1542	-0.0326	-0.0143	0.2197	-0.0209	0.1629	-25.373	33.0199	75.3676
3	2.6615	-0.6573	3.1303	0.0848	-1.2468	6.6596	0.0572	-0.0189	-0.0837	-0.1388	-0.0516	0.0764	0.4457	-0.0453	0.0705	0.2254	-0.0135	-0.0222	0.115	-0.0654	0.2187	-14.2886	20.9393	81.6262
4	2.7746	0.1487	-0.5152	0.4049	-0.1156	0.0126	-0.0635	0.1662	-0.2531	-0.057	0.029	-0.0333	0.0884	0.02	0.0364	0.2569	0.0319	-0.0152	0.2545	-0.0459	0.2068	5.6412	25.5138	69.1636
5	5.4029	3.5871	0.418	2.4778	0.3068	0.745	0.2078	0.1036	-0.2442	0.3192	-0.1306	-0.2788	0.2031	0.132	-0.0565	0.2734	0.0528	-0.0199	0.2419	-0.0068	0.1997	8.9551	23.7907	71.9396
6	4.7041	0.6726	-0.7702	0.8216	-0.1939	1.0947	-0.1646	0.3719	-0.4582	-0.0771	0.1553	-0.0183	0.2795	-0.0324	0.0257	0.3099	0.0087	-0.0094	0.1934	-0.065	0.2597	-2.3546	14.3214	68.8553
7	7.3494	3.0476	4.6469	3.4767	1.3026	3.6157	-0.2566	0.3411	-0.151	-0.2312	0.1165	-0.0993	-0.1232	0.392	0.1564	0.2449	0.021	0.0747	0.2728	-0.041	0.1562	4.6132	22.685	71.9559
8	3.6574	-0.0804	3.041	3.4508	0.418	5.2744	-0.0513	0.1716	-0.2045	-0.0807	0.0644	-0.2209	0.0941	0.2219	0.0156	0.1695	0.0129	0.0665	0.1736	0.0089	0.1626	11.4135	26.4106	74.8191
9	0.7268	-1.1471	0.1388	1.9564	0.1437	0.5891	-0.0785	0.0659	-0.0333	0.0634	0.0185	0.0978	0.0481	0.0378	0.0787	0.1461	-0.0113	0.0233	0.1665	0.009	0.1572	6.8743	55.6465	73.0203
10	2.318	0.4321	0.1735	4.7336	3.2095	3.0128	-0.0622	0.3963	-0.2186	-0.2225	-0.1366	0.0891	0.128	-0.1092	0.1599	0.2524	0.0154	0.029	0.2763	0.0205	0.1609	10.9724	33.4775	63.2324
11	2.4577	-0.5589	-0.1795	5.4578	1.7288	1.0345	-0.0901	0.0921	0.0277	-0.2503	0.1306	-0.2238	0.007	0.1632	-0.0318	0.1681	0.0252	0.0086	0.2229	0.0163	0.1332	12.2943	45.6246	64.5119
12	5.1709	6.3774	6.5907	2.1734	1.9437	2.2209	-0.1869	-0.2143	0.4509	-0.3105	-0.3151	0.2554	-0.3397	-0.1945	0.4245	0.2352	0.0023	0.0361	0.2031	-0.0109	0.3	10.3785	64.5563	90.2184
13	0.6744	0.141	1.3903	1.7804	1.5755	7.0878	0.0468	0.1981	0.0226	-0.0788	-0.0015	-0.1067	0.2385	0.1449	-0.0596	0.1176	0.038	0.0197	0.1504	0.0244	0.1369	5.7152	50.2711	70.9795
14	0.2202	0.099	0.0681	0.597	-0.1936	0.2366	0.0195	0.0665	0.0039	0.0137	0.0115	0.0594	0.0592	-0.0707	0.0048	0.1496	-0.0036	-0.0053	0.1997	-0.0022	0.1648	-17.6301	49.4341	78.136
15	4.2003	0.8586	-2.4163	1.7095	-0.2653	2.2058	0.1314	0.1065	0.2561	-0.1005	0.0764	-0.0694	-0.107	-0.0142	-0.1777	0.1285	0.0339	-0.0208	0.134	0.0256	0.1472	-7.5143	60.6768	71.4904
16	8.9626	8.0928	-5.4993	2.235	-5.042	5.0322	0.0092	0.3498	0.2976	-0.1973	0.3167	0.4619	-0.2025	-0.4785	-0.2543	0.1804	0.0509	0.0146	0.1761	-0.0007	0.1915	-17.9117	58.3818	71.8835
17	1.7227	1.9893	-1.6075	2.6382	-1.5878	2.8096	0.0144	0.0306	0.0535	0.0163	0.0546	0.1824	0.2289	-0.2233	-0.1419	0.0883	0.012	-0.0303	0.2234	0.015	0.2004	-16.6774	51.685	83.111
18	3.034	0.908	-0.8694	5.3759	-5.1466	7.8257	-0.0033	0.1263	0.3075	-0.3724	0.0361	-0.0139	0.4157	-0.3625	-0.0324	0.1842	0.0059	-0.0153	0.1407	-0.033	0.2303	-17.8002	47.6239	74.7338
19	0.5806	0.9199	0.0101	1.6938	-0.1592	0.29	-0.0565	-0.0426	0.0775	-0.0822	0.032	-0.0875	0.0037	-0.0397	0.0403	0.172	0.0121	0.0158	0.1941	-0.001	0.2294	-7.7398	55.8964	103.7603
20	1.8505	0.002	0.1135	5.9591	-4.5296	4.4506	-0.0253	-0.2519	-0.1809	0.1307	-0.1193	-0.1578	0.1465	0.1751	0.1682	0.2008	-0.0139	0.0071	0.2486	-0.0313	0.1342	-13.1382	34.1614	113.475
21	2.1668	0.4292	0.0927	4.4528	-1.1947	1.1963	-0.0057	-0.2103	-0.0219	0.1429	0.0237	0.1543	0.0372	-0.1353	-0.0244	0.1614	-0.0192	0.0042	0.2459	-0.0072	0.1616	-13.8015	46.4192	112.1267
22	3.7199	-6.0315	5.2412	2.0147	1.7146	2.011	-0.1307	0.0973	0.4907	-0.0504	-0.4665	-0.5871	-0.2994	0.2697	0.2483	0.1619	-0.0337	0.0296	0.1824	0.0239	0.2584	-10.8048	65.15	86.4887
23	0.9903	-0.2617	1.1107	1.446	-2.1238	8.101	0.1266	-0.1621	-0.0266	-0.0171	0.0277	0.1766	0.3309	-0.0177	-0.1247	0.1122	-0.0484	-0.0078	0.1151	-0.0404	0.147	-6.9979	50.6519	105.7365
24	0.5549	0.0475	0.1834	0.7174	0.0069	0.2049	0.0077	0.0692	-0.0257	-0.0837	-0.0052	-0.0707	0.0782	0.0246	0.0248	0.1785	0.0254	-0.0053	0.1849	-0.0033	0.1714	16.2913	48.5068	98.5821
25	5.0234	-1.0524	-2.3741	1.396	0.1269	2.1755	0.0879	-0.2274	0.2568	0.1519	0.0176	0.0426	-0.1288	0.0466	-0.1345	0.149	-0.026	-0.0205	0.1304	-0.0314	0.1609	6.7444	60.3086	105.4176
26	6.3482	-6.2941	-4.3532	8.3353	3.7247	4.3853	0.0056	-0.2287	0.1403	0.1572	0.169	-0.3949	-0.0919	0.3117	-0.2326	0.1352	-0.0058	-0.0155	0.2143	-0.0144	0.1623	17.0535	57.4015	104.8059
27	2.058	-1.1647	-2.0387	2.2553	2.3989	5.8679	0.0649	0.0557	0.0491	-0.1062	0.0321	-0.1411	0.0398	0.1435	-0.0964	0.0769	0.0226	-0.0204	0.1745	-0.0155	0.1832	15.2762	51.2912	95.104
28	1.3359	-0.731	-1.3069	1.3637	0.0244	3.178	-0.0855	-0.1651	0.0075	0.177	0.1162	-0.1152	0.1038	0.3618	-0.0831	0.1629	0.0349	-0.0635	0.2449	-0.002	0.2391	16.7638	46.9594	98.5351
29	1.4745	0.5936	-0.017	0.9278	-0.0424	0.3708	-0.0446	-0.1278	-0.3415	0.0046	-0.0632	-0.0066	0.2106	0.1031	0.0997	0.3023	0.0687	0.0116	0.2328	0.0265	0.2944	13.5643	19.5618	97.904
30	0.5783	0.0818	0.0873	3.2325	0.7238	0.5613	-0.0651	-0.0225	-0.0521	0.1949	0.0794	-0.0967	0.1139	0.1314	-0.0201	0.1746	0.0528	-0.0086	0.23	0.0252	0.1785	23.167	31.716	101.3721
31	2.0268	0.9229	2.0505	0.4447	0.7239	3.5852	0.1167	-0.1245	-0.2074	0.0572	0.0383	-0.1302	0.3162	-0.0478	-0.1079	0.2213	0.0211	-0.0217	0.1568	0.0412	0.2437	11.998	21.5079	98.6298
32	2.1947	-1.8589	-0.9497	1.5599	0.6923	0.4201	-0.0706	0.1929	-0.148	0.0552	-0.0566	0.1992	0.0906	-0.151	0.1038	0.2563	-0.0645	-0	0.3051	0.0212	0.2372	-14.9654	25.4979	105.5563
33	4.2329	-0.9752	0.2655	1.4205	-0.198	1.1158	0.0569	-0.2024	-0.2147	0.1169	-0.0662	0.0427	0.2611	-0.0247	0.0006	0.2871	-0.0245	0.0072	0.2144	0.0335	0.2044	-3.0475	16.9274	106.8621
34	3.9588	0.198	4.4987	3.3289	-0.8187	6.7462	-0.0985	-0.1547	-0.2351	0.096	0.0485	0.307	-0.1586	-0.0964	0.0568	0.1025	0.0596	0.0975	0.2029	-0.0162	0.1815	-14.079	27.4063	101.6485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 193 through 213 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 214 through 263 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 264 through 283 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 284 through 310 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 43 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 44 through 72 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 73 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 120 through 135 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 136 through 161 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 162 through 213 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 214 through 248 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 249 through 263 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 264 through 295 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 296 through 314 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 8 through 43 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 44 through 72 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 73 through 119 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 120 through 135 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 136 through 161 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 162 through 213 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 214 through 248 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 249 through 263 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 264 through 292 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 293 through 314 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 7 through 43 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 44 through 119 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 120 through 172 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 173 through 213 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 214 through 283 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 284 through 310 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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