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- PDB-5axw: Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5axw
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
  • RNA (73-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease ...: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Staphylococcus aureus Cas9.
著者: Nishimasu, H. / Cong, L. / Yan, W.X. / Ran, F.A. / Zetsche, B. / Li, Y. / Kurabayashi, A. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nureki, O.
履歴
登録2015年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_radiation ...citation / diffrn_radiation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: RNA (73-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,14011
ポリマ－158,8294
非ポリマー3117
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18480 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area60400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.596, 345.664, 98.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-205-

HOH

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8439.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Target DNA
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2497.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Non-target DNA
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 124365.914 Da / 分子数: 1 / 変異: N580A/C946A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cas9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2
参照: UniProt: J7RUA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (73-MER)


分子量: 23525.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Guide RNA
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

-
非ポリマー , 4種, 83分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.67 Å / Num. obs: 64328 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.67 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 3193 4.98 %
Rwork0.2033 60982 -
obs0.2046 64175 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 250.42 Å2 / Biso mean: 82.4385 Å2 / Biso min: 30.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8418 2270 17 76 10781
Biso mean--95.12 51.7 -
残基数----1152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59715590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7354492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.74030.36861540.340625552709100
2.7403-2.78310.39351450.340126012746100
2.7831-2.82870.39531190.326626472766100
2.8287-2.87750.31911400.324125912731100
2.8775-2.92980.33031520.299926122764100
2.9298-2.98620.30621250.286226102735100
2.9862-3.04710.28611520.273326222774100
3.0471-3.11340.30521340.263725702704100
3.1134-3.18580.27121490.249826202769100
3.1858-3.26540.2751560.251726242780100
3.2654-3.35370.28681380.240626292767100
3.3537-3.45240.24741240.226126302754100
3.4524-3.56380.23071410.21712649279099
3.5638-3.69110.25871250.202826392764100
3.6911-3.83880.23271240.197826682792100
3.8388-4.01350.2131460.193726482794100
4.0135-4.2250.19921330.180626802813100
4.225-4.48950.19061410.16926642805100
4.4895-4.83590.1831450.160526752820100
4.8359-5.3220.19391300.162326812811100
5.322-6.0910.17871340.172927362870100
6.091-7.66940.22461350.194527442879100
7.6694-49.67980.1931510.16422887303899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5709-0.2704-1.87463.0559-0.15475.27360.03560.2459-0.0403-1.0514-0.1355-0.00720.03090.0550.07660.67050.0754-0.06920.40670.03720.491333.655439.606269.5084
20.8684-1.0014-0.31693.1302-0.14180.61820.1510.16380.1158-0.4942-0.08330.1826-0.4244-0.1152-0.04290.97620.0737-0.18760.5280.06620.589119.865868.68573.3946
31.60930.65860.6551.9350.38951.4032-0.2303-0.0620.12590.27410.10880.2768-0.58250.13050.14130.81930.03170.15470.41620.04870.51133.238354.3881114.981
40.9144-0.3393-0.16163.02170.07241.4951-0.0178-0.0575-0.18350.18570.03760.45150.1426-0.0613-0.01870.3263-0.0063-0.05070.36120.07980.551928.696323.427393.5605
52.0157-2.9743-1.41267.81582.18612.63790.22030.19890.2935-0.641-0.1443-0.5195-0.3460.0795-0.07960.6263-0.0137-0.11580.43440.06230.450733.149543.780874.6326
61.42390.70680.37513.5462-1.23892.14140.07940.5999-0.6097-1.9565-0.2402-0.21280.33620.14570.17971.36260.1464-0.0310.5813-0.12240.494936.880623.772460.3085
75.9531-2.52341.01965.9147-5.73687.6710.0189-0.03040.07650.1995-0.13040.34280.39880.56030.16750.4205-0.0284-0.01060.2676-0.01520.571437.184113.099592.2357
80.5499-0.92051.33534.1811-5.80968.401-0.3331-0.04890.49270.6172-0.668-0.8499-1.68410.26690.96180.8144-0.0127-0.14190.45790.03530.564437.547341.510275.3375
92.2801-1.389-0.74538.6842.40232.7530.2858-0.19590.13391.1802-0.046-0.4731-0.1828-0.0935-0.27841.03460.0193-0.16990.39340.05260.523322.558964.594688.5786
105.1222-2.39431.62962.277-1.054.9070.2292-0.1849-0.5695-0.6023-0.08630.18350.27450.1928-0.10760.3377-0.0581-0.00810.3008-0.00820.676334.267312.139389.2237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 161 )A3 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 162 through 447 )A162 - 447
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 448 through 677 )A448 - 677
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 678 through 1052 )A678 - 1052
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 31 )B1 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 73 )B32 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 8 )C1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 9 through 13 )C9 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 14 through 28 )C14 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 8 )D1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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