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万見
- PDB-5arc: Cooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enabl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5arc
タイトルCooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enables creation of a C-C cross-coupling Heckase
要素SUBTILISIN SAVINASE
キーワードHYDROLASE / PROTEASE / SUBTILISIN / CATALYSIS / PALLADIUM / METALLOENZYME / HECK REACTION / CROSS-COUPLING
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related ...: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methyl-2-(5-methylpyridin-2-yl)pyridine / Subtilisin Savinase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS LENTUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sharma, M. / Diaz-Rodriguez, A. / Offen, W.A. / Palm-Espling, M.E. / Pordea, A. / Wormald, M.R. / Mcdonough, M. / Davies, G.J. / Davis, B.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cooperative Bio-Metallic Selectivity in a Tailored Protease Enables Creation of a C-C Cross-Coupling Heckase
著者: Sharma, M. / Diaz-Rodriguez, A. / Offen, W.A. / Palm-Espling, M.E. / Pordea, A. / Wormald, M.R. / Mcdonough, M. / Davies, G.J. / Davis, B.G.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBTILISIN SAVINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1215
ポリマ－26,7081
非ポリマー4124
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.461, 61.005, 74.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SUBTILISIN SAVINASE / ALKALINE PROTEASE / SUBTILISIN


分子量: 26708.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE PEPTIDE CHAIN, RESIDUES 1-269 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS LENTUS (バクテリア) / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 参照: UniProt: P29600, subtilisin

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非ポリマー , 5種, 298分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EI3 / 5-methyl-2-(5-methylpyridin-2-yl)pyridine / 5,5′-ジメチル-2,2′-ビピリジン


分子量: 184.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE IS SAME FOR DEPOSITED COORDINATES, APART FROM LEU217 WHICH IS MUTATED TO CYS, BUT ...SEQUENCE IS SAME FOR DEPOSITED COORDINATES, APART FROM LEU217 WHICH IS MUTATED TO CYS, BUT NUMBERING IS NON- CONTIGUOUS AS IT IS BASED ON ALIGNMENT TO AN HOMOLOGOUS SECTION OF UNIPROT SEQUENCE P00782 FOR SUBTILISIN BPN' FROM BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS, RESIDUES 108 TO 382. THUS THERE ARE NO RESIDUES 36, 58, 158-159 OR 163-164.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 100 MM AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→47.26 Å / Num. obs: 97753 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCI

1gci


解像度: 1.1→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.724 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS 2FO-FC DENSITY FOR THE BIPYRIDINE MODELLED AT AN OCCUPANCY OF 0.5, WHICH IS COMPLETE AT CONTOUR LEVELS OF 0.45 E A-3 AND 0.28 E A-3 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS 2FO-FC DENSITY FOR THE BIPYRIDINE MODELLED AT AN OCCUPANCY OF 0.5, WHICH IS COMPLETE AT CONTOUR LEVELS OF 0.45 E A-3 AND 0.28 E A-3 FOR THE RINGS PROXIMAL AND DISTAL TO CYS217 RESPECTIVELY. THERE ARE 2 REGIONS OF POSITIVE FO-FC DENSITY CLOSE TO THE BIPYRIDINE, WHICH CANNOT BE MODELLED, ONE PARTIALLY OVERLAPPING THE PROXIMAL RING, AND ANOTHER NEAR CYS217 BUT ORIENTED TOWARDS OH TYR209.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12263 4841 5 %RANDOM
Rwork0.10868 ---
obs0.10939 92832 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 26 294 2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.9482934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29834532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9745307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70525.06775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.76815299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.78159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6020.7541192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5980.7521191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7581.141511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.060.93944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.44334107
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.315586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.51654294
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 333 -
Rwork0.211 6698 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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