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Yorodumi- PDB-5aqo: Fragment-based screening of HSP70 sheds light on the functional r... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5aqo | ||||||
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Title | Fragment-based screening of HSP70 sheds light on the functional role of ATP-binding site residues | ||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / HEAT SHOCK PROTEIN / HSP70 / HSP72 / HSC70 / ATPASE / BAG1 / FRAGMENT | ||||||
Function / homology | Function and homology information lumenal side of lysosomal membrane / regulation of protein import / protein transmembrane import into intracellular organelle / negative regulation of supramolecular fiber organization / positive regulation of protein refolding / prostaglandin binding / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / positive regulation of lysosomal membrane permeability ...lumenal side of lysosomal membrane / regulation of protein import / protein transmembrane import into intracellular organelle / negative regulation of supramolecular fiber organization / positive regulation of protein refolding / prostaglandin binding / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / positive regulation of lysosomal membrane permeability / lysosomal matrix / A1 adenosine receptor binding / late endosomal microautophagy / protein carrier chaperone / response to nickel cation / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / Respiratory syncytial virus genome transcription / Lipophagy / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / adenyl-nucleotide exchange factor activity / response to odorant / positive regulation by host of viral genome replication / synaptic vesicle uncoating / C3HC4-type RING finger domain binding / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / clathrin coat disassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ATP-dependent protein disaggregase activity / CHL1 interactions / regulation of protein complex stability / photoreceptor ribbon synapse / maintenance of postsynaptic specialization structure / membrane organization / glycinergic synapse / Prp19 complex / presynaptic cytosol / protein folding chaperone complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / postsynaptic specialization membrane / intermediate filament / regulation of postsynapse organization / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Lysosome Vesicle Biogenesis / chaperone-mediated autophagy / postsynaptic cytosol / cellular response to steroid hormone stimulus / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylserine binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / positive regulation of proteolysis / chaperone cofactor-dependent protein refolding / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / estrous cycle / autophagosome / cellular response to cadmium ion / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / Protein methylation / ATP metabolic process / positive regulation of phagocytosis / skeletal muscle tissue development / forebrain development / protein folding chaperone / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / photoreceptor inner segment / cellular response to starvation / lysosomal lumen / mRNA Splicing - Major Pathway / cerebellum development / peptide binding / response to activity / kidney development / dendritic shaft / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / response to progesterone / G protein-coupled receptor binding / ATP-dependent protein folding chaperone / spliceosomal complex / Late endosomal microautophagy / regulation of protein stability / PKR-mediated signaling / terminal bouton / G1/S transition of mitotic cell cycle / ADP binding / mRNA splicing, via spliceosome / Chaperone Mediated Autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / protein import into nucleus / unfolded protein binding / Clathrin-mediated endocytosis / melanosome / late endosome / protein folding / synaptic vesicle / response to estradiol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12 Å | ||||||
Authors | Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. ...Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / Yahya, N. / Dobson, S.E. / Jones, K. / Workman, P. / Collins, I. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: A fragment-based approach applied to a highly flexible target: Insights and challenges towards the inhibition of HSP70 isoforms. Authors: Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / ...Authors: Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / Yahya, N. / Dobson, S.E. / Jones, K. / Workman, P. / Collins, I. / van Montfort, R.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5aqo.cif.gz | 588.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5aqo.ent.gz | 486.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5aqo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5aqo_validation.pdf.gz | 521.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5aqo_full_validation.pdf.gz | 529.3 KB | Display | |
Data in XML | 5aqo_validation.xml.gz | 57.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5aqo_validation.cif.gz | 82.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5aqfC 5aqgC 5aqhC 5aqiC 5aqjC 5aqkC 5aqlC 5aqmC 5aqnC 5aqpC 5aqqC 5aqrC 5aqsC 5aqtC 5aquC 5aqvC 5aqwC 5aqxC 5aqyC 1hx1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | Mass: 42406.980 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN RESIDUES 1-381 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PGEX-6P-1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): AI / References: UniProt: P11142, EC: 3.6.3.51 #2: Protein | Mass: 13511.571 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 222 TO 334 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PGEX-6P-1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): AI / References: UniProt: Q99933 |
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-Non-polymers , 6 types, 704 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.79 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 7, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→98.27 Å / Num. obs: 93349 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.16 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1HX1 Resolution: 2.12→98.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9471 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9349 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
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Displacement parameters | Biso mean: 51.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.281 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→98.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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