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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aqi | ||||||
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タイトル | Fragment-based screening of HSP70 sheds light on the functional role of ATP-binding site residues | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / HEAT SHOCK PROTEIN / HSP70 / HSP72 / HSC70 / ATPASE / BAG1 / FRAGMENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lumenal side of lysosomal membrane / regulation of protein import / negative regulation of supramolecular fiber organization / positive regulation of protein refolding / prostaglandin binding / positive regulation of lysosomal membrane permeability / lysosomal matrix / A1 adenosine receptor binding / protein carrier chaperone / response to nickel cation ...lumenal side of lysosomal membrane / regulation of protein import / negative regulation of supramolecular fiber organization / positive regulation of protein refolding / prostaglandin binding / positive regulation of lysosomal membrane permeability / lysosomal matrix / A1 adenosine receptor binding / protein carrier chaperone / response to nickel cation / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / Respiratory syncytial virus genome transcription / protein transmembrane import into intracellular organelle / Lipophagy / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / adenyl-nucleotide exchange factor activity / late endosomal microautophagy / response to odorant / positive regulation by host of viral genome replication / synaptic vesicle uncoating / C3HC4-type RING finger domain binding / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / clathrin coat disassembly / CHL1 interactions / ATP-dependent protein disaggregase activity / regulation of protein complex stability / photoreceptor ribbon synapse / maintenance of postsynaptic specialization structure / membrane organization / glycinergic synapse / Prp19 complex / presynaptic cytosol / postsynaptic specialization membrane / protein folding chaperone complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / postsynaptic cytosol / regulation of postsynapse organization / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Lysosome Vesicle Biogenesis / intermediate filament / chaperone-mediated autophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylserine binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / positive regulation of proteolysis / chaperone cofactor-dependent protein refolding / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / estrous cycle / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / autophagosome / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / Protein methylation / ATP metabolic process / positive regulation of phagocytosis / protein folding chaperone / skeletal muscle tissue development / forebrain development / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to cadmium ion / cellular response to starvation / photoreceptor inner segment / lysosomal lumen / mRNA Splicing - Major Pathway / cerebellum development / dendritic shaft / response to activity / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / kidney development / G protein-coupled receptor binding / response to progesterone / ATP-dependent protein folding chaperone / peptide binding / Late endosomal microautophagy / spliceosomal complex / regulation of protein stability / PKR-mediated signaling / terminal bouton / ADP binding / mRNA splicing, via spliceosome / Chaperone Mediated Autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / protein import into nucleus / unfolded protein binding / melanosome / late endosome / synaptic vesicle / protein folding / response to estradiol / MHC class II protein complex binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. ...Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / Yahya, N. / Dobson, S.E. / Jones, K. / Workman, P. / Collins, I. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: A fragment-based approach applied to a highly flexible target: Insights and challenges towards the inhibition of HSP70 isoforms. 著者: Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / ...著者: Jones, A.M. / Westwood, I.M. / Osborne, J.D. / Matthews, T.P. / Cheeseman, M.D. / Rowlands, M.G. / Jeganathan, F. / Burke, R. / Lee, D. / Kadi, N. / Liu, M. / Richards, M. / McAndrew, C. / Yahya, N. / Dobson, S.E. / Jones, K. / Workman, P. / Collins, I. / van Montfort, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aqi.cif.gz | 388.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aqi.ent.gz | 319.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aqi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5aqi_validation.pdf.gz | 488.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5aqi_full_validation.pdf.gz | 495.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5aqi_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5aqi_validation.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/5aqi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5aqfC 5aqgC 5aqhC 5aqjC 5aqkC 5aqlC 5aqmC 5aqnC 5aqoC 5aqpC 5aqqC 5aqrC 5aqsC 5aqtC 5aquC 5aqvC 5aqwC 5aqxC 5aqyC 1hx1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 42406.980 Da / 分子数: 2 / 断片: NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P11142, EC: 3.6.3.51 #2: タンパク質 | 分子量: 13511.571 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 222-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q99933 |
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-非ポリマー , 4種, 271分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 % / 解説: COMPLETENESS IN INNER SHELL 97.8 |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9775 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→40.96 Å / Num. obs: 34725 / % possible obs: 45.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HX1 解像度: 1.98→40.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9333 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8758 / SU R Cruickshank DPI: 0.691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.706 / SU Rfree Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.297 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.35 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.268 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→40.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.04 Å / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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