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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5apy | ||||||
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タイトル | Sequence MATKDDIAN inserted between GCN4 adaptors - Structure T9(9) | ||||||
![]() | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: alpha / beta coiled coils. 著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11368.084 Da / 分子数: 3 / 断片: 250-277,250-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 20 %(V/V) ISOPROPANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月20日 | ||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→19.5 Å / Num. obs: 15902 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.5 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ 解像度: 2→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.667 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.616 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.52 Å
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拘束条件 |
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