PDB-5apx: Sequence MATKDDIAN inserted between GCN4 adaptors - Structure T9(6)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5apx

タイトル

Sequence MATKDDIAN inserted between GCN4 adaptors - Structure T9(6)

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5apx.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5apx.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5apx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5apx_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5apx_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	5apx_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	5apx_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5appC 5apqC 5apsC 5aptC 5apuC 5apvC 5apwC 5apyC 5apzC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aps-1 2m58-d 5apy-d 3fb2-1 3t97-d 5apq-d 3lnf-1 4zmp-d 3h7z-1 3lnf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

ヘテロ分子

34.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.110, 38.250, 105.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: 6

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	A	A	8 - 67	34 - 93
2	GLY	GLY	B	B	8 - 67	34 - 93
3	VAL	VAL	C	C	8 - 66	34 - 92

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.314789, 0.798412, 0.51327), (-0.764241, -0.533897, 0.361787), (0.562888, -0.278375, 0.778244)	-7.89187, -4.86931, 3.41776
3	given	(-0.219355, -0.830033, 0.512766), (0.849643, -0.420855, -0.317787), (0.479573, 0.36596, 0.797548)	-7.65417, 4.783, 3.17067

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN / ARTIFICIAL CONSTRUCT 分子量: 11368.084 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 250-277,250-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 50 %(V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34.9 Å / Num. obs: 18191 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.94 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.81 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 1.8→34.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22597	907	5 %	RANDOM
R_work	0.18702	-	-	-
obs	0.18893	17282	97.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1450	0	5	122	1577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.025	2.019	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.65	3	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.05	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.042	26.349	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.096	15	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.949	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.78	7.946	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.779	7.941	712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.72	13.254	886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.932	10.779	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 984 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	1.11	5
2	B	loose positional	1.15	5
3	C	loose positional	1	5
1	A	loose thermal	4.75	10
2	B	loose thermal	5.49	10
3	C	loose thermal	5.02	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	64	-
R_work	0.292	1232	-
obs	-	-	97.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.7373	-0.5541	4.3398	5.3023	-2.606	2.5977	-0.0139	0.4346	0.262	-0.0345	0.0058	0.0476	0.039	0.1575	0.0081	0.3938	0.0255	-0.0173	0.4427	-0.0345	0.293	-21.0827	-2.1838	-54.1116
2	3.8125	-2.8297	-1.6234	3.1701	-0.6522	15.1128	-0.1676	0.2997	-0.0778	-0.2523	-0.088	-0.0098	0.085	-0.2352	0.2556	0.4808	0.0042	-0.0149	0.3963	-0.0676	0.17	-17.5903	-6.5318	-38.6243
3	5.771	1.937	6.9557	1.9591	2.9633	12.1263	0.035	-0.0152	0.1796	0.0133	-0.0848	0.0649	0.0557	-0.1835	0.0498	0.0186	0.0056	0.0313	0.0117	0.016	0.0656	-9.534	2.8807	0.3023
4	2.1351	-2.888	2.6624	9.3412	2.9342	11.4182	0.0759	0.0474	-0.2745	-0.4166	0.0352	0.3811	-0.7039	0.0912	-0.1111	0.5582	-0.0196	-0.1382	0.5827	0.0644	0.328	-29.0999	3.4574	-51.3036
5	4.6248	2.8881	5.0286	4.795	2.0046	15.1669	-0.2008	0.2077	0.4553	-0.1942	0.1505	-0.0428	0.1682	-0.5548	0.0503	0.3931	0.0271	-0.0312	0.4232	0.0399	0.1404	-19.8538	4.7541	-38.4053
6	1.2002	-0.055	1.8109	0.7505	0.2123	10.8402	0.0566	-0.0269	-0.0425	0.0269	-0.0186	0.0299	0.1212	-0.067	-0.038	0.0062	-0.0003	0.0152	0.0027	0.0134	0.1181	-7.2784	-4.384	-0.3868
7	10.4594	0.6116	-9.6256	1.4099	1.7893	12.8927	-0.0097	0.1749	-0.4157	-0.1083	0.2586	-0.3817	-0.2315	0.2774	-0.2489	0.5734	-0.0406	-0.0081	0.4658	-0.0336	0.382	-30.2526	-6.1915	-50.9047
8	4.4424	-2.6744	2.105	3.3207	3.2004	13.2645	-0.2888	-0.0172	-0.2356	0.3333	0.1699	0.2297	0.5678	-0.0214	0.1189	0.3728	-0.0683	-0.0011	0.4079	0.0338	0.1867	-27.9329	-2.8507	-35.2943
9	4.7147	-1.2975	6.1813	1.8397	-1.7673	12.2029	-0.072	0.0895	0.0534	-0.061	0.0645	-0.0255	-0.2458	0.0057	0.0075	0.0224	-0.0072	0.0326	0.0122	-0.0121	0.0861	-2.6681	1.3825	-2.766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	8 - 14
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 28
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	29 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	8 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	15 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	29 - 66

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)