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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aon | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the conserved N-terminal domain of Pex14 from Trypanosoma brucei | ||||||
![]() | PEROXIN 14 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PEROXISOMAL MATRIX PROTEIN IMPORT RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Obita, T. / Sugawara, Y. / Mizuguchi, M. / Watanabe, Y. / Kawaguchi, K. / Imanaka, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the Interaction between Trypanosoma Brucei Pex5P and its Receptor Pex14P. 著者: Watanabe, Y. / Kawaguchi, K. / Okuyama, N. / Sugawara, Y. / Obita, T. / Mizuguchi, M. / Morita, M. / Imanaka, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ff5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5948.788 Da / 分子数: 5 / 断片: CONSERVED N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 23-71 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 21% PEG3350, 0.5M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS / 日付: 2015年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→27.57 Å / Num. obs: 37178 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 24.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3FF5 解像度: 1.646→27.571 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.646→27.571 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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