PDB-2zw1: Crystal structure of a Streptococcal protein G B1 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zw1

タイトル

Crystal structure of a Streptococcal protein G B1 mutant

要素

Protein LG

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN BINDING DOMAIN / PH-DEPENDENT LIGAND BINDING

機能・相同性

Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / Protein LG

機能・相同性情報

生物種

Finegoldia magna (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Watanabe, H. / Matsumaru, H. / Odahara, T. / Suto, K. / Honda, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Optimizing pH response of affinity between protein G and IgG Fc: how electrostatic modulations affect protein-protein interactions.
著者: Watanabe, H. / Matsumaru, H. / Ooishi, A. / Feng, Y. / Odahara, T. / Suto, K. / Honda, S.

履歴

登録	2008年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zw1.cif.gz	23.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zw1.ent.gz	14.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zw1_validation.pdf.gz	414.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zw1_full_validation.pdf.gz	414.1 KB	表示
XML形式データ	2zw1_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	2zw1_validation.cif.gz	6.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/2zw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/2zw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zw0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fd6-d 6kmc-2 6l91-d 2zw0-d 5bmg-2 5bmg-6 6lji-1 1zxh-d 5aon-1 2kq4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein LG

6.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.266, 23.266, 178.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein LG / immunoglobulin binding protein 分子量: 6437.115 Da / 分子数: 1 / 断片: B1 domain / 変異: Q32H, D36E, N37H, D40H, E42H, D47P, A48E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / プラスミド: PET16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53291
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein LG / immunoglobulin binding protein

分子量: 6437.115 Da / 分子数: 1 / 断片: B1 domain / 変異: Q32H, D36E, N37H, D40H, E42H, D47P, A48E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Finegoldia magna (バクテリア) / プラスミド: PET16B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53291

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.53 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 8862 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.111 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→44.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 2.592 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28934	328	4.7 %	RANDOM
R_work	0.23469	-	-	-
obs	0.23728	6684	96.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	454	0	0	65	519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	465
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.92	632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.381	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.557	25.238	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.51	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.343	1.5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.09	2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.011	3	203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.548	4.5	175
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.459	24	-
R_work	0.303	512	-
obs	-	-	99.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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