[日本語] English
- PDB-5abd: CRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5abd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VEGFR-1 DOMAIN 2 IN PRESENCE OF CU
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / VEGF / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / sprouting angiogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis ...vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / sprouting angiogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding / positive regulation of MAP kinase activity / monocyte chemotaxis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of angiogenesis / cell migration / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / cell differentiation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. ...Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Vascular endothelial growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Gaucher, J.-F. / Lascombe, M.-B. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. ...Gaucher, J.-F. / Lascombe, M.-B. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. / Inguimbert, N. / Bouaziz, S. / Vidal, M. / Broutin, I.
引用ジャーナル: Plos One / : 2016
タイトル: Biophysical Studies of the Induced Dimerization of Human Vegf R Receptor 1 Binding Domain by Divalent Metals Competing with Vegf-A
著者: Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. / Inguimbert, N. / Bouaziz, S. / Vidal, M. / Broutin, I.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
I: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,27612
ポリマ-32,7203
非ポリマー5569
4,035224
1
E: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0263
ポリマ-10,9071
非ポリマー1192
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
I: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0343
ポリマ-10,9071
非ポリマー1272
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2166
ポリマ-10,9071
非ポリマー3105
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.547, 66.189, 176.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-1225-

CU

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.94145, -0.33713, 0.00417), (0.33645, 0.93863, -0.07601), (0.02171, 0.07296, 0.9971)-2.50149, 18.22159, -30.02704
2given(0.722, 0.69189, 0.00233), (0.68822, -0.7185, 0.10059), (0.07127, -0.07103, -0.99493)-9.33501, 16.45007, 116.55289

-
要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEIN KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN ...VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEIN KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR FLT / FLT / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR RECEPTOR


分子量: 10906.662 Da / 分子数: 3 / 断片: DOMAIN-2, RESIDUES 132-226 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS / 参照: UniProt: P17948, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR: 1.5MICROM VERGFR1-D2, 15MM TRIS/HCL PH 8.1, 25MM NACL, 5MM CUSO4 RESERVOIR: 19.5% (W/V) PEG8000, 100MM SA,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月25日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.97 Å / Num. obs: 25367 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 35.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CKV
解像度: 1.995→43.97 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1292 5.1 %
Rwork0.1785 --
obs0.1809 25364 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.4963 Å2 / ksol: 1.0302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2281 0 17 224 2522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.324899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9954-2.07530.32651560.28032620X-RAY DIFFRACTION99
2.0753-2.16980.2791430.25252611X-RAY DIFFRACTION100
2.1698-2.28410.23971190.22772670X-RAY DIFFRACTION100
2.2841-2.42720.27191520.21122639X-RAY DIFFRACTION100
2.4272-2.61460.23791210.21012685X-RAY DIFFRACTION100
2.6146-2.87770.25751490.19652645X-RAY DIFFRACTION100
2.8777-3.2940.2211490.18762678X-RAY DIFFRACTION100
3.294-4.14960.22391540.15562711X-RAY DIFFRACTION100
4.1496-43.98050.17111490.14242813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82543.729-2.34977.0848-0.35068.22780.22580.57240.26330.04740.18440.5311-0.9329-0.9349-0.010.37560.0437-0.02620.36710.00470.3861-31.249921.858258.2557
23.7665-1.20271.05491.87070.39822.8279-0.15440.09090.17540.11610.0661-0.1082-0.40620.1762-0.0060.3315-0.04680.00480.2874-0.00740.3251-19.440813.209557.6551
39.6958-3.02312.62744.1774-1.0074.70320.06240.16580.25650.09230.0715-0.3317-0.35670.6183-0.02160.4196-0.08580.00590.3364-0.07590.3101-17.083319.84766.3399
44.34094.1462-1.74135.5699-0.46483.52040.0979-0.04821.02240.15790.11870.6384-1.3891-0.7169-0.16580.70290.1571-0.02560.533-0.15950.5597-33.226425.172368.1483
50.8066-1.223-0.62556.44871.96592.1781-0.2732-0.848-0.40320.06340.11370.37160.1355-0.0171-0.02760.37990.01990.09610.45680.10470.3484-25.47788.522670.0346
61.85431.6236-0.78215.2130.79351.41350.1338-1.1175-0.25460.90620.1332-0.7785-0.06330.2365-0.13060.5455-0.0503-0.04160.6672-0.04860.3892-20.990517.879277.2979
77.9453-0.5045-1.19495.6059-0.29177.2271-0.1604-0.13011.30590.20410.1920.0276-1.41650.3922-0.14570.5946-0.03370.00480.3054-0.04140.4434-23.354326.454567.7439
82.2125-0.4595-0.38052.11550.95822.5044-0.2762-0.49640.08380.40930.291-0.2778-0.13440.1855-0.07690.40680.0051-0.02750.3614-0.01820.2921-20.016813.588669.7509
99.6343-0.835-1.50241.36910.13422.9824-0.1194-0.35250.2205-0.12490.00790.1502-0.0655-0.3002-0.01770.3009-0.0512-0.00840.3202-0.05250.3025-34.354614.359761.2653
105.6957-2.21932.21435.9939-1.07855.9174-0.0603-0.23270.17040.01360.1774-1.14250.01790.711-0.03720.3267-0.02630.02410.3772-0.0690.4525-10.910.087962.8917
116.0873-2.30332.25111.9251.07367.32-0.1914-0.7595-1.22350.59330.28490.11351.17230.21760.22920.65560.0728-0.0590.63620.11340.5246-22.6058-20.402686.8024
121.0439-0.21410.43253.67991.07842.68340.1449-0.4473-0.17010.4480.0604-0.67210.22990.52370.10670.41160.12530.00790.52580.07140.5625-12.5035-9.469483.6541
137.403-5.6812-3.29455.78650.62644.2489-0.1432-0.2182-1.22940.15970.07310.38531.4514-0.00840.20870.93220.125-0.00870.629-0.04610.8144-22.0409-25.349778.043
140.95910.2241-0.02472.178-0.07672.13660.15650.79810.2603-0.6798-0.11270.24280.1937-0.46570.11460.50030.1158-0.00450.62360.15910.381-22.3675-6.956174.3304
153.82181.8459-1.20532.7952-0.27635.26220.24690.6834-0.6127-0.4570.1235-0.94650.41970.02640.33320.7130.23330.1430.65780.04810.576-13.1047-16.730172.9986
169.8141-3.95891.12186.27954.62146.6137-0.21010.57190.2728-0.83670.2542-0.8921-0.34730.86530.08970.80750.15940.33660.71190.04360.8557-7.5717-10.597272.1115
174.63560.0931-4.01142.3229-1.08583.9064-0.2893-0.1873-0.5437-0.19550.2032-0.32540.3836-0.0719-0.05550.89110.08770.19420.5938-0.0070.9168-10.7671-0.697571.2339
181.1610.5893-1.09732.95350.40572.1231-0.04890.0682-0.1239-0.7288-0.0306-0.2482-0.1295-0.11510.0820.51680.0928-0.02740.4740.02490.3881-20.7889-8.587979.2331
199.45653.07590.3991.883-0.02623.4508-0.14380.011-0.3795-0.53-0.0034-0.20660.3447-0.23750.14120.52040.0489-0.01010.45090.05580.3036-28.4774-14.5284.0929
207.55112.6774-3.39751.0376-1.90417.0849-0.27-0.08040.30850.0688-0.1898-1.17410.28230.9140.0670.46730.0126-0.04680.5910.01970.653-11.2235-1.898182.6075
219.1926-2.23632.42022.3431-0.85979.318-0.5116-0.9914-0.070.8914-0.2352-0.5510.39280.47210.16780.34130.03450.05990.36690.08070.4283-15.2799-13.987355.2652
226.27214.66661.86813.8554-0.00635.6358-0.2363-0.5349-0.60330.60090.2476-0.09020.6282-0.17830.09730.6211-0.18130.06590.69830.01230.785-19.071-5.076358.8695
234.62692.4518-5.96323.2447-2.59417.84680.0615-0.228-0.36750.4983-0.2038-0.5497-0.00720.49790.07740.25620.01230.01120.26160.02230.3066-12.45932.734256.6481
242.3509-0.0957-0.33271.54260.40341.40590.05860.1544-0.0235-0.3107-0.1141-0.1262-0.0386-0.09370.03790.21560.02560.03190.2135-0.00430.3048-13.03-2.924344.7742
259.3468-0.833-4.95316.11763.03533.7550.2521.07220.0798-1.18440.1078-0.1556-0.3233-0.3329-0.02480.51050.04190.11320.39030.02230.4274-7.9772-2.832835.7944
263.59794.0986-1.62317.01130.73723.58680.04570.1843-0.4221-0.0347-0.3705-1.09810.8730.63450.05360.34980.05970.12870.26450.0050.5168-8.3166-12.284345.2553
271.38592.0384-1.31355.1906-0.43172.5418-0.05240.4706-0.0196-0.5751-0.1183-0.74540.2320.13420.11830.26490.03880.08520.27770.04420.4575-7.0363-2.364143.2992
285.67031.9796-1.30476.3733-2.56353.25380.00610.0774-0.0789-0.4162-0.5053-0.55550.24290.3725-0.0120.35840.03620.05370.27960.03660.3785-13.92777.514543.6786
292.56281.7393-0.19584.22710.3661.6163-0.0597-0.0593-0.08670.0019-0.15630.15570.1566-0.07890.08880.23940.00810.04850.2502-0.00820.3312-21.2193-7.673851.0733
302.9912-1.91790.67763.0122-1.26115.98150.2545-0.73020.73610.3285-0.2681-1.4117-1.38140.9530.15980.4839-0.16210.05380.4444-0.0360.5563-7.081111.555252.1672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN E AND RESID 132:136
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN E AND RESID 137:148
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN E AND RESID 149:162
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN E AND RESID 163:166
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND RESID 167:175
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN E AND RESID 176:185
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN E AND RESID 186:190
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN E AND RESID 191:211
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN E AND RESID 212:219
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND RESID 220:226
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN I AND RESID 132:136
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN I AND RESID 137:161
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN I AND RESID 162:165
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN I AND RESID 166:178
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN I AND RESID 179:192
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN I AND RESID 193:196
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN I AND RESID 197:200
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN I AND RESID 201:211
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN I AND RESID 212:219
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN I AND RESID 220:224
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN X AND RESID 132:137
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN X AND RESID 138:141
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN X AND RESID 142:147
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN X AND RESID 148:181
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN X AND RESID 182:185
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN X AND RESID 186:189
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN X AND RESID 190:197
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN X AND RESID 198:204
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN X AND RESID 205:222
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN X AND RESID 223:226

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る