PDB-5ab3: S.enterica HisA mutant D7N, D10G, dup13-15, Q24L, G102A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ab3

タイトル

S.enterica HisA mutant D7N, D10G, dup13-15, Q24L, G102A

要素

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

キーワード

ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Cubana str. 76814 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Guo, X. / Soderholm, A. / Newton, M. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes.
著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M.

履歴

登録	2015年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.4	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ab3.cif.gz	308.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ab3.ent.gz	253.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ab3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5ab3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ac7C 5ac8C 5g1tC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4eC 5g4wC 5g5iC 5l6uC 5l9fC 5ahfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ac7-1 6uvz-1 2qcm-d 6uvz-4 5ac7-2 5ocj-1 2w79-2 1w1a-2 3uxd-2 5ac6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

C: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

84.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.196, 61.196, 391.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2150- HOH
2	1	B-2153- HOH
3	1	C-2004- HOH
4	1	C-2028- HOH
5	1	C-2073- HOH

#1: タンパク質	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase / Phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase 分子量: 27427.418 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Cubana str. 76814 (サルモネラ菌) 遺伝子: hisA, A628_04556 / プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: V7IJE3, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-2ER / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-AMINOCARBONYL-5-[[(Z)-[(3R,4R)-3,4-DIHYDROXY-2-OXO-5-PHOSPHONOOXY-PENTYL]IMINOMETHYL]AMINO]IMIDAZOL-1-YL]-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / ホスホリブロシルホルムイミノ-AICAR-りん酸分子量: 577.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₅O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: P550MME_P20K 30.0%; SODIUM HEPES; MOPS (ACID), 0.1M, PH7.5; MGCL2; CACL2 0.06M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 80382 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AHF

5ahf

解像度: 1.803→49.109 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	4024	5 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1739	80205	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→49.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5388	0	115	532	6035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	7911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.519	2107
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8035-1.8247	0.3141	133	0.2774	2319	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8247-1.847	0.2987	122	0.2538	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.8703	0.2959	135	0.2441	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8703-1.895	0.2514	131	0.239	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.895-1.9209	0.2995	134	0.252	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9209-1.9484	0.2987	146	0.2215	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9484-1.9774	0.2706	150	0.2037	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9774-2.0083	0.2283	141	0.1925	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0083-2.0413	0.2391	144	0.1987	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0413-2.0765	0.2658	120	0.2028	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0765-2.1142	0.2277	137	0.1886	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1142-2.1549	0.2116	125	0.1938	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1549-2.1989	0.2147	124	0.1872	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1989-2.2467	0.2686	136	0.1925	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2467-2.2989	0.2427	144	0.189	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2989-2.3564	0.2344	138	0.1821	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4201	0.2156	167	0.1791	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4201-2.4914	0.2146	163	0.1827	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4914-2.5718	0.2267	119	0.1795	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5718-2.6637	0.2269	146	0.181	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6637-2.7703	0.2412	152	0.1774	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7703-2.8964	0.2134	129	0.1912	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8964-3.0491	0.2263	111	0.1823	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0491-3.2401	0.241	147	0.1848	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2401-3.4902	0.1986	155	0.1766	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4902-3.8413	0.1791	143	0.1562	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8413-4.3968	0.142	153	0.1387	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3968-5.5383	0.188	139	0.1303	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5383-49.1277	0.1597	140	0.1559	2952	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0461	2.4176	-1.7251	6.5344	-4.7793	6.2674	-0.1409	-0.3418	0.0218	-0.1879	-0.1359	-0.2695	-0.0136	0.8226	0.2954	0.2543	-0.01	0.0459	0.4668	0.014	0.2778	-9.2814	27.5037	-41.7944
2	4.1381	2.8869	-2.7797	7.8524	1.1457	3.6706	0.2588	-1.6153	0.5823	0.8092	0.1812	0.0615	0.8806	0.7518	-0.3876	0.3971	-0.1034	-0.0583	0.7275	-0.0056	0.3022	-6.9538	33.3519	-30.2609
3	5.447	-5.7822	-6.0205	8.3378	5.8707	7.2202	-0.4694	-0.6061	1.0769	0.5196	-0.5567	1.9463	-2.2627	-1.3528	1.0991	0.7512	0.1462	-0.0502	0.6584	-0.1884	1.1018	-11.3201	39.5937	-27.8885
4	4.3173	2.3789	2.0818	6.9265	5.3647	5.3474	0.0837	-0.3708	0.1129	0.2571	0.1821	-1.0277	0.122	2.0588	-0.4521	0.3128	-0.0464	-0.0026	0.7463	0.0246	0.4009	-2.4899	28.4754	-44.5804
5	4.3519	-0.3688	-1.7451	5.1599	-2.1941	6.6886	0.1196	-0.2267	0.2881	0.0165	-0.0413	0.0549	0.0194	0.4753	-0.0797	0.1489	-0.0385	0.0307	0.2374	0.0016	0.1928	-13.2443	31.589	-46.277
6	7.1634	-6.8856	-6.0535	6.9788	5.8887	5.1644	-0.1973	-0.0611	-0.0529	0.3911	0.0913	0.3101	0.1779	-0.0553	0.1253	0.2337	-0.0477	0.0312	0.193	0.0106	0.2455	-16.9958	26.4102	-48.2845
7	7.8386	-5.7912	-6.0453	4.5752	4.6922	4.8686	0.4129	0.4305	0.4129	-0.2297	-0.1522	-0.0357	-0.7048	-0.5134	-0.2812	0.3963	0.0185	0.0573	0.2484	0.0429	0.2826	-24.9348	35.8882	-47.8309
8	6.7016	-2.3974	-3.8758	5.7457	4.2795	7.2167	-0.0295	-0.2993	0.0089	0.3288	0.3167	-0.2604	-0.0398	0.2909	-0.1551	0.2158	-0.0115	0.0177	0.1577	0.002	0.1889	-24.0768	31.0744	-39.0637
9	9.7814	-1.4945	4.5298	9.0583	3.1689	3.9072	-0.2304	-0.3242	0.2344	0.4003	0.0135	0.4184	-0.6986	-0.2564	0.2664	0.3113	0.0091	0.0897	0.2661	0.0217	0.2499	-32.4362	35.5512	-36.2094
10	2.456	3.2676	0.1821	4.7731	-0.1536	7.2716	0.0373	-0.0751	0.1725	0.0464	0.0299	0.3316	-0.1144	-0.3601	-0.0396	0.1697	0.032	0.0405	0.2481	-0.0393	0.2257	-28.4433	28.5913	-39.3788
11	1.7408	2.5491	-2.8039	3.7541	-4.1223	5.1882	0.657	-2.0895	0.9878	0.5344	0.0845	0.4835	-0.7719	1.417	-0.6495	0.3584	-0.1064	0.053	0.8419	-0.1114	0.3765	-20.5438	29.2029	-15.5861
12	6.7128	-0.161	0.6241	1.4044	-0.1434	6.5349	0.0805	-0.155	0.1338	0.133	-0.0047	-0.0724	-0.2582	0.3524	-0.0735	0.2263	-0.0545	0.0433	0.2426	0.0016	0.1863	-26.7066	27.2625	-27.9542
13	2.3602	-0.8216	1.9488	1.4863	0.1073	4.5312	-0.0531	-0.0593	-0.0131	0.067	-0.0423	-0.1157	0.3391	0.6215	0.0684	0.2397	0.016	0.0361	0.2912	0.0287	0.1879	-20.6539	18.7488	-28.0406
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精密化 TLSグループ

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48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN C AND RESID 232:244)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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