PDB-2w79: Establishing wild-type levels of catalytic activity on natural an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w79

タイトル

Establishing wild-type levels of catalytic activity on natural and artificial (ba)8-barrel protein scaffolds

要素

1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Claren, J. / Malisi, C. / Hocker, B. / Sterner, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Establishing Wild-Type Levels of Catalytic Activity on Natural and Artificial (Beta Alpha)8- Barrel Protein Scaffolds.
著者: Claren, J. / Malisi, C. / Hocker, B. / Sterner, R.

履歴

登録	2008年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w79.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w79.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w79_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w79_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	2w79_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	2w79_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/2w79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/2w79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qo2S 2cff S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qo2-1 5ocj-1 2cff-1 5ab3-1 5ac7-1 1h5y-1 2cff-2 2feo-d 3k60-2 2bkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

B: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.000, 64.100, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENEAMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE / PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE RIBOTIDE ISOMERASE / N-PHOSPHORIBOSYL- ...PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE RIBOTIDE ISOMERASE / N-PHOSPHORIBOSYL-FORMIMINO-AMINOIMIDAZOL-CARBOXAMID RIBONUCLEOTID ISOMERASE 分子量: 27001.283 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) プラスミド: PET21A-HISA-II / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7-EXPRESS 参照: UniProt: Q9X0C7, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 75 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 111 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 75 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 111 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 127 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 169 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 75 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 111 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 127 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 169 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.992
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 42406 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QO2

1qo2

解像度: 1.85→33.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 10.613 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	2082	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.206	39541	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3764	0	1	378	4143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.993	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.061	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.662	24.074	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.008	15	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.289	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.053	2	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.703	3	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.18	2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.869	3	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	152	-
R_work	0.334	2885	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3377	0.9973	-0.2923	4.8569	0.3732	1.0526	-0.1552	-0.1058	-0.0351	-0.0875	0.271	-0.2693	-0.3201	0.2571	-0.1159	0.0731	-0.0679	0.06	0.1182	-0.0457	0.0768	22.053	7.113	36.035
2	0.5173	0.8408	-0.8602	2.6229	-0.3012	5.0908	-0.028	-0.0507	-0.0041	0.037	0.1101	-0.1819	0.0638	0.315	-0.0821	0.0202	0.0142	0.0341	0.0655	-0.0256	0.0804	21.891	-2.185	36.86
3	3.6316	0.6131	1.0426	0.44	-0.2557	3.2775	-0.2435	0.2704	-0.257	0.0549	0.1814	0.1471	0.3467	0.1834	0.0621	0.0706	0.005	0.0459	0.0184	-0.0331	0.1055	14.627	-8.329	31.045
4	1.9657	-1.6469	0.3885	5.8276	-0.2308	1.3676	0.0303	-0.0022	-0.0786	0.1473	0.0646	0.4043	0.1477	-0.1616	-0.095	-0.0173	-0.0327	0.0441	-0.0048	-0.0113	0.165	3.887	-5.804	30.951
5	5.9885	3.2233	2.2196	2.6183	5.8126	24.9624	-0.9271	-0.0114	0.4686	-0.4514	0.5345	0.5082	-1.2403	-0.7501	0.3926	0.0465	0.0748	-0.0966	-0.0142	0.0625	0.3197	-3.016	7.708	24.862
6	0.8904	0.3134	0.595	0.1483	-0.0738	2.5106	0.1043	-0.2175	0.3362	0.2634	-0.0149	0.3093	0.0101	-0.2907	-0.0893	-0.0553	0.0062	0.0811	0.0481	-0.01	0.2658	0.382	3.521	35.445
7	1.7883	1.0519	0.691	1.4389	0.1835	2.1287	0.2002	-0.161	0.2686	0.4928	-0.1148	0.2896	-0.0095	-0.3108	-0.0853	0.0744	-0.0222	0.2108	0.0772	-0.0657	0.1692	3.378	4.714	47.333
8	11.3136	3.7956	-0.5251	10.4931	-5.4147	5.7547	0.1588	-0.9834	0.0647	0.894	0.0956	-0.4669	0.3668	-0.0362	-0.2544	0.3864	-0.0579	0.0587	0.1787	-0.1136	-0.0616	17.326	4.329	53.559
9	1.8648	0.57	-0.4087	1.5387	1.1462	1.2738	0.1121	-0.0494	0.1909	-0.0028	0.0007	0.127	0.0686	0.1469	-0.1129	0.0246	-0.0145	0.0789	0.0771	-0.003	0.0634	17.233	36.805	76.05
10	1.251	1.9901	-0.733	9.5103	-2.1038	6.6869	0.0645	-0.0596	-0.18	0.7914	0.139	-1.0549	-0.0348	0.2871	-0.2034	0.0212	0.0379	-0.0934	0.0033	-0.044	0.0916	22.931	32.322	80.853
11	0.2041	-0.1734	-0.0986	1.7829	-0.1797	1.992	0.1311	0.0078	-0.009	0.0513	0.0676	0.0404	0.0205	0.1046	-0.1988	0.055	0.0112	0.0309	0.0375	-0.0169	0.0728	18.376	26.33	72.968
12	1.5589	-0.2845	0.6829	1.5559	-0.2396	0.7457	0.1322	0.0172	-0.0709	-0.0237	-0.0655	0.3056	0.134	-0.0006	-0.0668	0.0342	0.0112	-0.012	0.0112	-0.0402	0.1445	6.512	24.077	67.414
13	1.1458	0.1061	-3.9094	6.1121	-5.1977	17.171	-0.7013	0.2498	1.2881	-0.661	0.4055	1.0449	-0.1553	-0.9717	0.2959	0.0362	0.0194	-0.1512	0.0957	-0.0929	0.5122	-3.367	40.179	65.048
14	1.6714	2.3622	1.8935	3.6758	2.2175	2.7691	-0.0141	-0.225	0.027	-0.0777	-0.2378	0.5465	-0.0697	-0.2874	0.252	-0.0472	0.004	0.0587	0.0818	-0.0933	0.2609	-0.725	35.51	75.409
15	2.9117	0.3371	1.1196	1.8304	0.6826	2.3221	-0.0384	-0.1738	0.1509	0.4352	-0.2773	0.7695	0.1388	-0.3291	0.3158	0.033	-0.033	0.2193	0.1072	-0.1005	0.2399	-1.197	36.108	84.303
16	1.5479	-0.1774	0.7247	1.1935	1.4655	2.3832	-0.058	-0.0913	-0.1122	0.5335	-0.144	0.2004	0.2251	-0.2882	0.2021	0.1584	-0.0878	0.166	0.0879	-0.026	0.0862	7.3	33.942	89.603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	109 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	132 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	174 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	227 - 241
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	22 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	45 - 77
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	78 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	131 - 147
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	148 - 177
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	178 - 206
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	207 - 241

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)