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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g2h | ||||||
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Title | S. enterica HisA with mutation L169R | ||||||
![]() | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF | ||||||
Function / homology | ![]() 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newton, M. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Duarte, F. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. Authors: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 86.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ab3C ![]() 5ac7C ![]() 5ac8C ![]() 5g1tC ![]() 5g1yC ![]() 5g2iC ![]() 5g2wC ![]() 5g4eC ![]() 5g4wC ![]() 5g5iC ![]() 5l6uC ![]() 5l9fC ![]() 5aheS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 27252.080 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A5U0GD61, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 / Details: 0.1 M NA ACETATE PH 4.6, 2.3 M AMMONIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 40024 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 21.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 9.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5AHE Resolution: 1.9→47.354 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→47.354 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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