+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uvz | ||||||
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Title | Amidohydrolase 2 from Bifidobacterium longum subsp. infantis | ||||||
Components | Amidohydrolase 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / MCSG / structural genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / hydrolase activity / CITRIC ACID / Amidohydrolase 2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Bifidobacterium longum subsp. infantis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.898 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Amidohydrolase 2 from Bifidobacterium longum subsp. infantis Authors: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uvz.cif.gz | 492 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6uvz.ent.gz | 422.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uvz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/6uvz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28975.668 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (bacteria) Strain: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 Gene: Blon_2306 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B7GNK8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1M Tris ph 8.5, 0.7 M tri-Sodium Citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97912 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97912 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.898→50 Å / Num. obs: 47403 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Χ2: 2.224 / Net I/σ(I): 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.898→44.794 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153 Å2 / Biso mean: 53.9248 Å2 / Biso min: 5.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.898→44.794 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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