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万見
- PDB-5aam: Structure of a redesigned cross-reactive antibody to dengue virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aam
タイトルStructure of a redesigned cross-reactive antibody to dengue virus with increased in vivo potency
要素
  • ENVELOPE PROTEIN
  • SCFV513
キーワードIMMUNE SYSTEM / SCFV DENGUE ANTIBODY ENVELOPE DOMAIN III
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Wong, Y.H. / Robinson, L.N. / Lescar, J. / Sasisekharan, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Design of an Anti-Dengue Antibody Directed to a Non-Immunodominant Epitope.
著者: Robinson, L.N. / Tharakaraman, K. / Rowley, K.J. / Costa, V.V. / Chan, K.R. / Wong, Y.H. / Ong, L.C. / Tan, H.C. / Koch, T. / Cain, D. / Kirloskar, R. / Viswanathan, K. / Liew, C.W. / ...著者: Robinson, L.N. / Tharakaraman, K. / Rowley, K.J. / Costa, V.V. / Chan, K.R. / Wong, Y.H. / Ong, L.C. / Tan, H.C. / Koch, T. / Cain, D. / Kirloskar, R. / Viswanathan, K. / Liew, C.W. / Tissire, H. / Ramakrishnan, B. / Myette, J.R. / Babcock, G.J. / Sasisekharan, V. / Alonso, S. / Chen, J. / Lescar, J. / Shriver, Z. / Ooi, E.E. / Sasisekharan, R.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年8月5日ID: 4UD3
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCFV513
B: SCFV513
C: ENVELOPE PROTEIN
J: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9844
ポリマ－79,9844
非ポリマー00
水2,288127
1
A: SCFV513
C: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9922
ポリマ－39,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-2.4 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PQS
2
B: SCFV513
J: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9922
ポリマ－39,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.638, 55.891, 87.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 SCFV513


分子量: 27299.357 Da / 分子数: 2 / 断片: SCFV, RESIDUES 2-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: タンパク質 ENVELOPE PROTEIN / DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN III


分子量: 12692.560 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-109 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: U3N5N6, UniProt: Q6YFU0*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→47.9 Å / Num. obs: 23183 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 80.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.49→2.63 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UYP

3uyp


解像度: 2.49→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9426 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9169 / SU R Cruickshank DPI: 0.766 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.738 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 1188 5.12 %RANDOM
Rwork0.2196 ---
obs0.2222 23183 98.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5462 Å20 Å2-0.5072 Å2
2---1.5469 Å20 Å2
3---2.0931 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.428 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5010 0 0 127 5137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.236945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1756SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes737HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5123HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion667SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5621SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.6 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 127 5 %
Rwork0.2197 2411 -
all0.2227 2538 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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