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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aal | |||||||||
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タイトル | Complex of the FimH lectin with a C-linked para-biphenyl ethylene alpha-D-mannoside in soaked trigonal crystals at 2.45 A resolution | |||||||||
要素 | FIMH | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / BACTERIAL ADHESIN / TYPE 1 FIMBRIAE / URINARY TRACT INFECTION / VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | De Ruyck, J. / Bouckaert, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2016 タイトル: Structures of C-Mannosylated Anti-Adhesives Bound to the Type 1 Fimbrial Fimh Adhesin 著者: De Ruyck, J. / Lensink, M.F. / Bouckaert, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aal.cif.gz | 130.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aal.ent.gz | 104.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aal.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5aal_validation.pdf.gz | 938.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5aal_full_validation.pdf.gz | 939.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5aal_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5aal_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/5aal | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 断片: LECTIN DOMAIN, UNP RESIDUES 22-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: UTI89 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6JKW3, UniProt: Q1R2J4*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | [5-HYDROXY-2-(4-HYDROXYPHE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.6 詳細: 1M LI2SO4, 100 MM TRIS PH 8.6, 10 MM NICL2, 0.2 M NON-DETERGENT SULFO-BETAINE 201 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→19.77 Å / Num. obs: 14129 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.81 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AUU 解像度: 2.45→19.767 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.767 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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