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万見
- PDB-5a2e: Extracellular SRCR domains of human CD6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a2e
タイトルExtracellular SRCR domains of human CD6
要素T-CELL DIFFERENTIATION ANTIGEN CD6
キーワードIMMUNE SYSTEM / SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE RICH / SRCR
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoteichoic acid binding / acute inflammatory response to antigenic stimulus / immunological synapse formation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / immunological synapse / positive regulation of T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding / adaptive immune response ...lipoteichoic acid binding / acute inflammatory response to antigenic stimulus / immunological synapse formation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / immunological synapse / positive regulation of T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / lipopolysaccharide binding / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell differentiation antigen CD6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Chappell, P.E. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Brown, M.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of Cd6 and its Ligand Cd166 Give Insight Into Their Interaction.
著者: Chappell, P.E. / Garner, L.I. / Yan, J. / Metcalfe, C. / Hatherley, D. / Johnson, S. / Robinson, C.V. / Lea, S.M. / Brown, M.H.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL DIFFERENTIATION ANTIGEN CD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2078
ポリマ－39,6131
非ポリマー5947
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.480, 161.480, 93.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 T-CELL DIFFERENTIATION ANTIGEN CD6 / T12 / TP120 / HUMAN CD6


分子量: 39613.168 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR SRCR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: CHO LEC 3.2.8.1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P30203
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M AMMONIUM SULFATE, 0.3M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 3% W/V PGA-LM, 20% MPD, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→77.93 Å / Num. obs: 12884 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 71.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BY2

1by2


解像度: 3.15→77.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8352 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7738 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.715 / SU Rfree Blow DPI: 0.384
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 629 4.88 %RANDOM
Rwork0.2531 ---
obs0.2545 12883 99.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5678 Å20 Å20 Å2
2---3.5678 Å20 Å2
3---7.1357 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.731 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→77.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 38 43 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0064549HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.768155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d968SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes736HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4549HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion286SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4423SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.45 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3076 156 5.19 %
Rwork0.2848 2851 -
all0.286 3007 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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