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万見
- PDB-1by2: STRUCTURE OF M2BP SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1by2
タイトルSTRUCTURE OF M2BP SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH DOMAIN
要素MAC-2 BINDING PROTEIN
キーワードEXTRACELLULAR MODULE / SCAVENGER RECEPTOR / TUMOUR-ASSOCIATED ANTIGEN / EXTRACELLULAR MATRIX / GLYCOSYLATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / : / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome ...platelet dense granule lumen / scavenger receptor activity / cellular defense response / Platelet degranulation / : / blood microparticle / cell adhesion / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / BTB/Kelch-associated ...: / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / BTB domain profile. / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galectin-3-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hohenester, E. / Sasaki, T. / Timpl, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a scavenger receptor cysteine-rich domain sheds light on an ancient superfamily.
著者: Hohenester, E. / Sasaki, T. / Timpl, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Mac-2 Binding Protein is a Cell-Adhesive Protein of the Extracellular Matrix which Self-Assembles Into Ring-Like Structures and Binds Beta1 Integrins, Collagens and Fibronectin
著者: Sasaki, T. / Brakebusch, C. / Engel, J. / Timpl, R.
#2: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1994
タイトル: The Srcr Superfamily: A Family Reminiscent of the Ig Superfamily
著者: Resnick, D. / Pearson, A. / Krieger, M.
履歴
登録1998年10月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAC-2 BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9262
ポリマ－12,7051
非ポリマー2211
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.630, 44.630, 134.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 MAC-2 BINDING PROTEIN / TUMOR-ASSOCIATED ANTIGEN 90K


分子量: 12705.093 Da / 分子数: 1 / 断片: SCAVENGER RECEPTOR CYSTEINE-RICH (SRCR) DOMAIN / 変異: N-TERMINAL APLA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293-EBNA / 器官: KIDNEY / 細胞株 (発現宿主): 293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08380
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: TWO DERIVATIVES (SMCL3 AND UO2SO4) WERE USED AT 3.0 A
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
350 mMBis-Tris1reservoir
430-32 %PEG15001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月7日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 9843 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 60557

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA(CCP4)データスケーリング
CCP4モデル構築
X-PLOR3.84精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0
Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED, RMS BONDS 3.5 A**2
交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 934 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 9649 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数832 0 14 57 903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 114 10 %
Rwork0.27 1056 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3_MOD.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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