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Yorodumi- PDB-1nh8: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (ATP-PRTASE) FROM MYCOBACTERIUM TUB... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1nh8 | ||||||
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Title | ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (ATP-PRTASE) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH AMP AND HISTIDINE | ||||||
Components | ATP Phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PRTASE / DE NOVO HIS BIOSYNTHESIS / PRPP / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / AMP binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Cho, Y. / Sharma, V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: Crystal structure of ATP phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis Authors: Cho, Y. / Sharma, V. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1nh8.cif.gz | 69 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1nh8.ent.gz | 55.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1nh8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1nh8_validation.pdf.gz | 466.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1nh8_full_validation.pdf.gz | 471 KB | Display | |
Data in XML | 1nh8_validation.xml.gz | 7.7 KB | Display | |
Data in CIF | 1nh8_validation.cif.gz | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nh8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 6||||||||
Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32684.074 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Species: Mycobacterium tuberculosis / Strain: H37RV / Plasmid: pET2a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: P60759, UniProt: P9WMN1*PLUS, ATP phosphoribosyltransferase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-AMP / | #4: Chemical | ChemComp-HIS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: Lithium sulfate, Ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 16 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C / Wavelength: 1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→25.7 Å / Num. all: 37740 / Num. obs: 37740 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.047 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.846 Å |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.134 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 2.698 / SU ML: 0.086 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.131 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.928 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 1.93 Å |