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万見
- PDB-4zyp: Crystal Structure of Motavizumab and Quaternary-Specific RSV-Neut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zyp
タイトルCrystal Structure of Motavizumab and Quaternary-Specific RSV-Neutralizing Human Antibody AM14 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein
要素
  • AM14 antibody Fab heavy chain
  • AM14 antibody light chain
  • Fusion glycoprotein F0,Fibritin
  • Motavizumab antibody Fab heavy chain
  • Motavizumab antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain / Fab / fusion / respiratory syncytial virus / prefusion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Characterization of a Prefusion-Specific Antibody That Recognizes a Quaternary, Cleavage-Dependent Epitope on the RSV Fusion Glycoprotein.
著者: Gilman, M.S. / Moin, S.M. / Mas, V. / Chen, M. / Patel, N.K. / Kramer, K. / Zhu, Q. / Kabeche, S.C. / Kumar, A. / Palomo, C. / Beaumont, T. / Baxa, U. / Ulbrandt, N.D. / Melero, J.A. / ...著者: Gilman, M.S. / Moin, S.M. / Mas, V. / Chen, M. / Patel, N.K. / Kramer, K. / Zhu, Q. / Kabeche, S.C. / Kumar, A. / Palomo, C. / Beaumont, T. / Baxa, U. / Ulbrandt, N.D. / Melero, J.A. / Graham, B.S. / McLellan, J.S.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
B: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
C: Fusion glycoprotein F0,Fibritin
J: Motavizumab antibody Fab heavy chain
L: Motavizumab antibody light chain
F: AM14 antibody Fab heavy chain
G: AM14 antibody light chain
H: AM14 antibody Fab heavy chain
I: AM14 antibody light chain
D: AM14 antibody Fab heavy chain
E: AM14 antibody light chain
K: Motavizumab antibody Fab heavy chain
M: Motavizumab antibody light chain
N: Motavizumab antibody Fab heavy chain
O: Motavizumab antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,60915
ポリマ－451,60915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.380, 210.290, 118.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Fibritin / Protein F


分子量: 55120.879 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
株: A2 / プラスミド: p(alpha)H / 遺伝子: wac, T4Tp161 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: D9IEJ2
#2: 抗体 Motavizumab antibody Fab heavy chain


分子量: 24284.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Humanized mouse antibody / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Motavizumab antibody light chain


分子量: 23150.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Humanized mouse antibody / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pVRC8400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 AM14 antibody Fab heavy chain


分子量: 24365.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 AM14 antibody light chain


分子量: 23615.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5.645mg/mL EndoH digested DS-Cav1 + AM14 Fab + Motavizumab Fab, 11.4% PEG8000, 1.71% MPD, 0.1M Imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→49.59 Å / Num. obs: 17434 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 161.85 Å2 / CC1/2: 0.939 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 51879 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
5.5-6.152.90.7891.51429549310.5530.54497.6
12.3-49.5930.06713467015650.9160.04995.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHW, 3IXT, 4ZYK

4jhw

3ixt

4zyk


解像度: 5.5→49.386 Å / SU ML: 0.91 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 857 4.93 %Random selection
Rwork0.2105 ---
obs0.2137 17391 97.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→49.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29990 0 0 0 29990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00630647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34841583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.81211079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.5001-5.84420.36891500.31622736X-RAY DIFFRACTION97
5.8442-6.29460.36681540.28252741X-RAY DIFFRACTION97
6.2946-6.92650.30551300.25862757X-RAY DIFFRACTION98
6.9265-7.92520.30331430.2242774X-RAY DIFFRACTION97
7.9252-9.97140.22151440.17392769X-RAY DIFFRACTION97
9.9714-49.38780.23321360.16352757X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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