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- PDB-4zv7: Crystal structure of hexagonal form of lipase B from Candida anta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zv7
タイトルCrystal structure of hexagonal form of lipase B from Candida antarctica
要素Lipase B
キーワードHYDROLASE / CAL-B / hexagonal form
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Candida antarctica (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Strzelczyk, P. / Blaszczyk, J. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2016
タイトル: Crystal and molecular structure of hexagonal form of lipase B from Candida antarctica.
著者: Strzelczyk, P. / Bujacz, G.D. / Kiebasinski, P. / Baszczyk, J.
履歴
登録2015年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4652
ポリマ－33,0401
非ポリマー4241
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.034, 89.034, 137.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Lipase B / CALB


分子量: 33040.238 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida antarctica (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 24% polyethylene glycol 3350, 0.1M citric acid, and 0.1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→77.11 Å / Num. obs: 22034 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 24.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W9B

3w9b


解像度: 2→77.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.698 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19276 1032 4.7 %RANDOM
Rwork0.14413 ---
obs0.14654 20971 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→77.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2324 0 28 332 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9641.9833371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13635296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7445324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75624.70685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02415348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0361510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.7431281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.991.7411280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5372.6071604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5412.6081605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3951.911168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3951.9131169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1322.8171766
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.5116.2033035
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.50916.2173036
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 64 -
Rwork0.175 1418 -
obs--91.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.1757 Å / Origin y: 11.8976 Å / Origin z: 16.3273 Å
111213212223313233
T0.0489 Å20.0084 Å20.0203 Å2-0.0081 Å2-0.0042 Å2--0.0248 Å2
L0.5089 °2-0.0066 °20.2814 °2-0.2068 °2-0.213 °2--0.3678 °2
S-0.0121 Å °-0.0414 Å °0.0386 Å °-0.0734 Å °-0.0298 Å °-0.0256 Å °0.0683 Å °0.0054 Å °0.0419 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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