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- PDB-4zsd: Human Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor at room temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsd
タイトルHuman Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor at room temperature
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE / isomerase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / apoptotic mitochondrial changes / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / necroptotic process / peptide binding / cellular response to calcium ion / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7I6 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gelin, M. / Delfosse, V. / Allemand, F. / Hoh, F. / Sallaz-Damaz, Y. / Pirocchi, M. / Bourguet, W. / Ferrer, J.-L. / Labesse, G. / Guichou, J.-F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Combining `dry' co-crystallization and in situ diffraction to facilitate ligand screening by X-ray crystallography.
著者: Gelin, M. / Delfosse, V. / Allemand, F. / Hoh, F. / Sallaz-Damaz, Y. / Pirocchi, M. / Bourguet, W. / Ferrer, J.L. / Labesse, G. / Guichou, J.F.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1252
ポリマ－17,6521
非ポリマー4731
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.943, 57.943, 88.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-207 / 変異: K133I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-7I6 / 1-(4-aminobenzyl)-3-[(2S)-4-(methylsulfanyl)-1-{(2R)-2-[2-(methylsulfanyl)phenyl]pyrrolidin-1-yl}-1-oxobutan-2-yl]urea / 1-(4-アミノベンジル)-3-[(S)-1-[[2β-(2-メチルチオフェニル)ピロリジン-1-イル]カルボニル]-(以下略)


分子量: 472.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32N4O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→57.94 Å / Num. obs: 25914 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.45→48.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1554 1335 4.9 %RANDOM
Rwork0.1338 ---
obs0.1349 25914 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 40.15 Å2 / Biso mean: 12.549 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 32 106 1361
Biso mean--19.66 25.51 -
残基数----164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9741787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3053.0092903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8365169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.05124.80852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91715219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.913153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.101664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7061.102665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8911.658828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.6532575
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.119544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.30252604
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 92 -
Rwork0.205 1764 -
all-1856 -
obs--93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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