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万見
- PDB-4zs6: Receptor binding domain and Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zs6
タイトルReceptor binding domain and Fab complex
要素
  • S protein
  • fab Heavy Chain
  • fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / Fab / Receptor binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.166 Å
データ登録者Yu, X. / Wang, X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the neutralization of MERS-CoV by a human monoclonal antibody MERS-27
著者: Yu, X. / Zhang, S. / Jiang, L. / Cui, Y. / Li, D. / Wang, D. / Wang, N. / Fu, L. / Shi, X. / Li, Z. / Zhang, L. / Wang, X.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: fab Light Chain
H: fab Heavy Chain
A: S protein
D: fab Light Chain
C: fab Heavy Chain
B: S protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,91410
ポリマ－146,0306
非ポリマー8854
水00
1
L: fab Light Chain
H: fab Heavy Chain
A: S protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4575
ポリマ－73,0153
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: fab Light Chain
C: fab Heavy Chain
B: S protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4575
ポリマ－73,0153
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.492, 64.461, 186.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain H
13chain D
23chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALNAGNAGchain AAC - H381 - 70215
21VALVALNAGNAGchain BBF - J381 - 70215
12VALVALLYSLYSchain CCE2 - 2222 - 222
22VALVALLYSLYSchain HHB2 - 2222 - 222
13ALAALAARGARGchain DDD1 - 2101 - 210
23ALAALAARGARGchain LLA1 - 2101 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 fab Light Chain


分子量: 23344.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 fab Heavy Chain


分子量: 24412.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 S protein


分子量: 25258.402 Da / 分子数: 2 / Fragment: Receptor binding domain, UNP residues 361-589 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: W6A0A7
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5), 12% (w/v) Polyethylene glycol 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.166→50 Å / Num. obs: 31146 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 71.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Χ2: 1.116 / Net I/av σ(I): 8.484 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 156458
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.166-3.275.10.87621131.02196.7
3.27-3.365.20.69920571.06996.8
3.36-3.455.20.52320941.10796.5
3.45-3.555.20.40520741.16496.4
3.55-3.665.20.33520871.18896.2
3.66-3.795.20.29220691.19896.1
3.79-3.955.10.25920771.11996
3.95-4.135.10.21520881.11495.7
4.13-4.3450.16920881.0995.3
4.34-4.614.90.13520571.04395
4.61-4.974.90.12620850.98395.2
4.97-5.474.80.11920601.10493.9
5.47-6.264.90.1220451.28194
6.26-7.8850.11420781.31593.8
7.88-504.60.08520740.93390.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L72

4l72


解像度: 3.166→36.953 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1565 5.03 %
Rwork0.2033 29564 -
obs0.2055 31129 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.23 Å2 / Biso mean: 68.8969 Å2 / Biso min: 32.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.166→36.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9786 0 56 0 9842
Biso mean--91.7 --
残基数----1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49413752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7983628
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1899X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
12B1899X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
21C1957X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
22H1957X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
31D1967X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
32L1967X-RAY DIFFRACTION5.231TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.166-3.26820.37141420.29752576271891
3.2682-3.38490.2831360.26142745288197
3.3849-3.52030.29861590.24252658281796
3.5203-3.68040.28561260.23192723284996
3.6804-3.87420.26441330.22892734286796
3.8742-4.11670.26811310.21382690282196
4.1167-4.43410.23551650.18622664282995
4.4341-4.87940.21831280.16942737286595
4.8794-5.58330.19781480.18592643279194
5.5833-7.02650.24061410.19912712285394
7.0265-36.95560.21621560.17272682283891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99290.4701-0.61411.0471-0.11091.3340.00080.078-0.1515-0.07190.0081-0.1213-0.28580.46950.00030.4241-0.1032-0.07520.5196-0.02840.53327.511616.6175626.5329
22.27730.9379-0.75821.038-0.63332.4997-0.05290.7940.0366-0.1240.21190.0383-0.2698-0.19520.00270.5570.0118-0.04170.52640.04070.4795-7.694817.3333615.9956
31.7562-0.2344-0.61541.78920.67383.0201-0.0064-0.17380.21240.2768-0.00510.0549-0.189-0.1804-0.00010.33390.0062-0.05740.38570.03370.494-32.485410.999657.5675
43.295-1.2123-1.47063.06291.18121.58410.26250.2459-0.2826-0.3102-0.2687-0.2092-0.1692-0.2030.00050.6554-0.01610.02460.84960.0620.5142-22.570625.5204592.7481
51.51840.0154-0.31540.51960.57252.49790.1058-0.0666-0.49050.0609-0.24040.2760.6698-0.3296-0.00041.099-0.10220.08650.4759-0.07310.88881.9963-6.6042564.7544
61.7889-0.1681-0.11761.0339-0.36710.8119-0.164-0.4923-0.0244-0.19280.0723-0.15540.17170.3683-0.00320.8493-0.0290.16010.5102-0.05940.808616.6913.9025569.3645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain LL1 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2chain HH2 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3chain AA381 - 702
4X-RAY DIFFRACTION4chain BB381 - 702
5X-RAY DIFFRACTION5chain CC2 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain DD1 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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