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Yorodumi- PDB-7neh: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7neh | |||||||||
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Title | Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-269 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant / N501Y mutation / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | |||||||||
Authors | Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, China, 2items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2021 Title: Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera. Authors: Supasa, P. / Zhou, D. / Dejnirattisai, W. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Slon-Campos, J. / ...Authors: Supasa, P. / Zhou, D. / Dejnirattisai, W. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Slon-Campos, J. / Lopez-Camacho, C. / Hallis, B. / Coombes, N. / Bewley, K.R. / Charlton, S. / Walter, T.S. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Skelly, D. / Lumley, S.F. / Baker, N. / Shaik, I. / Humphries, H.E. / Godwin, K. / Gent, N. / Sienkiewicz, A. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Klenerman, P. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S. / Hall, D.R. / Williams, M.A. / Paterson, N.G. / James, W. / Carroll, M.W. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7neh.cif.gz | 331.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7neh.ent.gz | 221 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7neh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7neh_validation.pdf.gz | 847 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7neh_full_validation.pdf.gz | 852.9 KB | Display | |
Data in XML | 7neh_validation.xml.gz | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7neh_validation.cif.gz | 44.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7negC 7bemS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 23557.420 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23299.961 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules E
#3: Protein | Mass: 23150.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 6 types, 521 molecules
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.09 M NPS, 0.1 M sodium HEPES and MOPS, 30% EDO_P8K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→75 Å / Num. obs: 88349 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 37.24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 4396 / CC1/2: 0.33 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7BEM Resolution: 1.77→42.74 Å / SU ML: 0.2787 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.2451 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→42.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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