+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zs6 | ||||||
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Title | Receptor binding domain and Fab complex | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / complex / Fab / Receptor binding domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Middle East respiratory syndrome coronavirus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.166 Å | ||||||
Authors | Yu, X. / Wang, X. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2015 Title: Structural basis for the neutralization of MERS-CoV by a human monoclonal antibody MERS-27 Authors: Yu, X. / Zhang, S. / Jiang, L. / Cui, Y. / Li, D. / Wang, D. / Wang, N. / Fu, L. / Shi, X. / Li, Z. / Zhang, L. / Wang, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zs6.cif.gz | 498.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zs6.ent.gz | 414.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zs6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zs6_validation.pdf.gz | 494.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4zs6_full_validation.pdf.gz | 512.1 KB | Display | |
Data in XML | 4zs6_validation.xml.gz | 44.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4zs6_validation.cif.gz | 61 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/4zs6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4l72S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23344.000 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK 293T / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 24412.357 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK 293T / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein | Mass: 25258.402 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Receptor binding domain, UNP residues 361-589 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Middle East respiratory syndrome coronavirus Cell line (production host): sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: W6A0A7 #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5), 12% (w/v) Polyethylene glycol 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN A200 / Detector: CCD / Date: May 6, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.166→50 Å / Num. obs: 31146 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 71.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Χ2: 1.116 / Net I/av σ(I): 8.484 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 156458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4L72 Resolution: 3.166→36.953 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.23 Å2 / Biso mean: 68.8969 Å2 / Biso min: 32.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.166→36.953 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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